Характеристика кластерів генів PKS I та PKS II штамів актинобактерій, ізольованих з біологічних обростань Одеської затоки Чорного моря
Ескіз недоступний
Дата
2024
Автори
Науковий керівник
Укладач
Редактор
Назва журналу
ISSN
E-ISSN
Назва тому
Видавець
Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Анотація
У даному дослідженні проведено аналіз біосинтетичних генних кластерів (BGCs) полікетидсинтаз I типу (PKS I) та II типу (PKS II) у штамів Streptomyces ambofaciens Myt7b та Streptomyces ambofaciens ONU 561, ізольованих з біологічних обростань Одеської затоки Чорного моря. Для цього були використані біоінформатичні інструменти, доступні в програмному комплексі antiSMASH, з метою виявлення та характеристики цих кластерів і прогнозування їхнього потенціалу щодо синтезу біологічно активних сполук.
Результати показали значну схожість Streptomyces ambofaciens Myt7b з відомими видами, здатними синтезувати такі цінні сполуки, як ентероцин, кураміцин та інтоміцин В. Аналіз доменної структури геному Streptomyces ambofaciens ONU 561 показав подібність генетичних кластерів до штамів, які продукують кандицидин і кураміцин. Ці результати підкреслюють потенціал зазначених штамів для синтезу природних продуктів, які можуть бути корисними в біотехнології та медицині.
In this study, the biosynthetic gene clusters (BGCs) of type I (PKS I) and type II (PKS II) polyketide synthases in in Streptomyces ambofaciens Myt7b and Streptomyces ambofaciens ONU 561 strains isolated from biological fouling of the Odesa Bay of the Black Sea. For this purpose, bioinformatics tools available in the antiSMASH software package were used to identify and characterize these clusters and predict their potential for the synthesis of biologically active compounds. The results showed significant similarity of Streptomyces ambofaciens Myt7b to known species capable of synthesizing such valuable compounds as enterocin, curamycin and intomycin B. Analysis of the domain structure of the genome of Streptomyces ambofaciens ONU 561 showed similarity of genetic clusters to strains producing candicidin and curamycin. These results emphasize the potential of these strains for the synthesis of natural products that may be useful in biotechnology and medicine.
In this study, the biosynthetic gene clusters (BGCs) of type I (PKS I) and type II (PKS II) polyketide synthases in in Streptomyces ambofaciens Myt7b and Streptomyces ambofaciens ONU 561 strains isolated from biological fouling of the Odesa Bay of the Black Sea. For this purpose, bioinformatics tools available in the antiSMASH software package were used to identify and characterize these clusters and predict their potential for the synthesis of biologically active compounds. The results showed significant similarity of Streptomyces ambofaciens Myt7b to known species capable of synthesizing such valuable compounds as enterocin, curamycin and intomycin B. Analysis of the domain structure of the genome of Streptomyces ambofaciens ONU 561 showed similarity of genetic clusters to strains producing candicidin and curamycin. These results emphasize the potential of these strains for the synthesis of natural products that may be useful in biotechnology and medicine.
Опис
Ключові слова
091 біологія та біохімія, мікробіологія та вірусологія, магістр, Аctinomycete, полікетидсинтази (PKS), Чорне море, Одеська затока, вторинні метаболіти, біосинтетичні генні кластери, antiSMASH, антибіотики, polyketide synthases (PKS), Black Sea, Odesa Bay, secondary metabolites, biosynthetic gene clusters, antibiotics
Бібліографічний опис
Сторожук, Н. В. Характеристика кластерів генів PKS I та PKS II штамів актинобактерій, ізольованих з біологічних обростань Одеської затоки Чорного моря = Characterization of PKS I and PKS II gene clusters of actinobacteria strains isolated from the biological fouling of the Black Sea : кваліфікаційна робота магістра / Н. В. Сторожук. – Одеса, 2024. – 75 с.