Переглянути
Нові надходження
Документ Дослідження кластерів генів вторинних метаболітів штаму Bacillus subtilis 200a, ізольованого з донних відкладень Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Місевич, Аміна ЮріївнаУ роботі досліджено геноми штамів Bacillus subtilis 168, B. subtilis 220а та B. subtilis PS-68 з метою ідентифікації та порівняння біосинтетичних генних кластерів, відповідальних за синтез біологічно активних метаболітів. Ідентифіковано 16 кластерів, включно з sactipeptide, ranthipeptide, transAT- PKS, T3PKS, NRPS, betalactone, NRP-metallophore, CDPS, sporulation killing factor, сурфактином, бациленом, фенгіцином, бацилибактином, пульхериміновою кислотою, субтилозином А та бацилізином. Проведено порівняльний аналіз розмірів, структури та організації кластерів, що виявив суттєві відмінності між штамами. Зокрема, штам B. subtilis PS-68 характеризується компактними регіонами та унікальними генетичними особливостями, адаптованими до водного середовища. Досліджено вплив відсутності транспортних та регуляторних кластерів на функціонування біосинтетичних регіонів у B. subtilis PS-68.Документ Ідентифікація вторинних метаболітів, виділених з ко-культур морських бактерій(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Рогалевський, Микола ВолодимировичДипломна робота виконана у Центрі морської біології та біотехнології ОНУ імені І. І. Мечникова. За даними мас-спектроскопічного аналізу вторинних метаболітів з монокультур P. aeruginosa М1 і М3 та B. subtilis МС3 і МН4 до їх складу входить 17, 12, 32 та 24 компонента, відповідно. Встановлено, що за умов ко-культивування псевдомонад з бацилами кількість компонентів у суміші вторинних метаболітів зменшується у 5 разів у варіанті P. aeruginosa М1+B. subtilis МН4 та у 2 рази у варіанті P. aeruginosa М3+B. subtilis МС3. За умов ко-культивування у складі вторинних метаболітів з’являються нові компоненти. У варіанті P. aeruginosa М1+B. subtilis МН4 два з m/z 258,10 та 364,90, у варіанті P. aeruginosa М3+B. subtilis МС3 три з m/z 1008,55, 1022,55 та 1036,55. За даними бази MiMeDB https://mimedb.org/ у складі вторинних метаболітів P. aeruginosa М3+B. subtilis МС3 ідентифіковані ліпопептидні сполуки сурфактин, бамулоцин А та пумілацідин В, які синтезуються представниками роду Bacillus.Документ Порівняння складу біологічно активних метаболітів штамів Streptomyces chumphonensis conc10 та Streptomyces chumphonensis conc9(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Павленко, Дар'я ГеннадіївнаУ дослідженні визначено та охарактеризовано склад біологічно активних метаболітів штамів Streptomyces chumphonensis conc10 та Streptomyces chumphonensis conc9, виділених з біологічних обростань Одеської Затоки Чорного моря. Загалом було виявлено 89 потенційних сполук, серед яких 51 належать до штаму S. chumphonensis conc10, а 38 — до штаму S. chumphonensis conc9. Обидва штами продемонстрували значний потенціал для виробництва біологічно активних метаболітів з антимікробною, протипухлинною та протигрибковою активністю, що робить їх перспективними для використання в медичних і біотехнологічних застосуваннях. Під час дослідження було виявлено, що штам S. chumphonensis conc10 синтезує 29 сполук з антимікробною активністю, серед яких такі сполуки, як Bacilsubteramide A та Nybomycin, мають значний потенціал для розробки нових антибіотиків. Також було виявлено 12 сполук з цитотоксичною активністю, таких як Piericidin A5 та Bacilsubteramide A, які можуть бути використані для розробки протипухлинних препаратів. Крім того, було ідентифіковано 7 сполук з протигрибковою активністю, серед яких Chrysotriazole B та Piericidin A5.Документ Синтез біосурфактантів у моно- та ко-культурах морських бактерій(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Мартиненко, Сергій АндрійовичДипломна робота виконана у Центрі морської біології та біотехнології ОНУ імені І. І. Мечникова. В даній роботі було проведене дослідження синтезу біосурфактантів бактеріями, виділеними з поверхні Чорного моря. Використовувалися загалом чотири штами бактерій, два з яких належали до виду P. аeruginosa, а інші до Bacillus sp. Для вивчення специфічності синтезу біосурфактантів використовувалися два різних підходи: моно- та ко-культивування. Результати показали, що кожен мікроорганізм володіє власним рівнем продукування біосурфактантів. При монокультивуванні деякі штами показали справді високі значення продукування, а ось ко-культивування навпаки продемонструвало негативний вплив на синтез біосурфактантів.Документ Характеристика синтезу протимікробних речовин бактеріями роду Bacillus, виділених з Чорного моря, за умов сумісного культивування(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Тітенко, Дар'я ВіталіївнаРоботу було проведено на кафедрі мікробіології, вірусології та біо-технології ОНУ імені І. І. Мечникова і присвячено характеристики синтезу протимікробних речовин бактеріями роду Bacillus, виділених з Чорного моря, за умов сумісного з Trichoderma viridae БННЦ1 культивування За терміном настання стаціонарної фази розвитку, впродовж якої ві-дбувається найактивніший синтез вторинних екзометаболітів, при культи-вуванні у рідкому поживному середовищі окремі досліджувані мікроорга-нізми практично не розрізнялись. Цей фаза відповідала четвертій та п’ятій добі при моно- та сумісному з Trichoderma viridae БННЦ1 культивуванні. Біологічно активні речовини, що утворювались досліджуваними штамами бацил, під час монокультивування виявились більш активними щодо культури Staphylocoсcus aureus АТСС 25923, ніж Escherichia coli АТСС 25922. Підвищення протимікробної активності екзометаболітів, що продукуються досліджуваними штамами бацил за сумісного, було зафік-совано тільки у випадку грампозитивного тест-штаму Staphylocoсcus aure-us АТСС 25923.Документ Оцінка потенціалу морських спороутворюючих бактерій у біозахисті рослин за допомогою біоінформатичного аналізу(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Кружиліна, Валерія ВолодимирівнаПроведено дослідження здатності споротвірних бактерій, виділених з Чорного моря, до біосинтезу вторинних метаболітів для біозахисту сільськогосподарських культур. З використанням методів повногеномного секвенування та біоінформатичного аналізу у досліджених мікроорганізмів було виявлено здатність до продукування 13 видів вторинних метаболітів, активних щодо збудників інфекцій рослин. Найбільшу кількість біосинтетичних генних кластерів, відповідальних за синтез таких сполук, виявлено у геномах клітин штамів виду Bacillus velezensis (9, 8 та 7 кластерів у трьох досліджених штамів). На основі двох досліджених штамів запропоновано технологічну схему виробництва препарату для біологічного захисту сільськогосподарських культур.Документ Порівняльний аналіз геному глибоководного Bacillus pumilus ONU 554 з іншими представниками роду Bacillus на підставі пангеномного аналізу(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Кішинська, Марія ОлександрівнаУ дипломній роботі був проведений порівняльний аналіз геному глибоководного мікроорганізму Bacillus pumilus ONU 554 з іншими представниками цього роду на підставі пангеномного аналізу. В ході дослідження було проведено анотування геному мікроорганізму, що було обрано для аналізу, а також визначена його пластичність. Крім того, однією з основних задач було ідентифікувати біосинтетичні кластери генів, які наявні у геномі Bacillus pumilus ONU 554 за допомогою біоінформатичного аналізу, а також з’ясувати їхню роль у геномі досліджуваного мікроорганізму та роль їхніх продуктів– вторинних метаболітів у можливості застосування в галузі “блакитної біотехнології”. А також, було проведено пангеномний аналіз B. pumilus ONU 554 з іншими представниками групи Bacillus pumilus та знайдені особливі видоспецифічні гени, що є необхідними для процесу адаптації до несприятливих умов існування, за рахунок яких досліджувана група мікроорганізмів стає перспективною для подальшого вивчення.Документ Characteristics of the secondary clusters organization in some representatives of the Pseudomonas genus(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Fan Wentong,В роботі охарактеризовано та порівняно кластерну організацію генів вторинних метаболітів серед деяких представників роду Pseudomonas. За допомогою сервера antiSMASH в геномі Pseudomonas aeruginosa PA01 виявлено 16 кластерів біосинтетичних генів. Досліджувані види псевдомонад демонструють кластери генів, які переважно кодують нерибосомні пептид-синтетази та полікетид-синтази, які є ключовими для виробництва вторинних метаболітів. Ідентифіковано основні кластери генів, що відповідають за синтез наступних сполук: арилполієн, ациламінокислоти, β-лактами, β-лактони, бутиролактони, гомосеринелактони, лантипептид класу II, нерибосомальні пептиди, N-ацетилглутамін амід, феназини, сидерофори тощо. Встановлені вторинних метаболіти Pseudomonas spp. характеризуються широким спектром біологічної активності, що робить їх перспективними для розробки нових сполук з антимікробним потенціалом або для застосування в екологічній сфері.Документ Comparative analysis of PKS type I in representatives of the genera Basillus and Streptomyces(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Junkun Su,У дипломній роботі був проведений порівняльний аналіз кластерів полікетид сінтаз першого типу у представників родів Bacillus і Streptomyces. В ході дослідження були знайдені в базах даних послідовності полікетид сінтаз першого типу і проведено філогенетичний аналіз. Додатково було побудовано теплову карту для проведення порівняння структури кластерів полікетид сінтаз першого типу у представників родів Bacillus і Streptomyces. Було показано, що за первинними послідовностямі амінокислот усі знайдені кластери полікетид сінтаз першого типу у представників роду Streptomyces є монофілетичною групою. Послідовності послікетид синтаз у представників роду Bacillus є більш диференційованими. Аналіз отриманої теплової карти показав, що для найбільш важливими для диференціації полікетид сінтаз першого типу у представників роду Bacillus є домени Unknowm domain і KS домени. У передставнків Streptomyces найбільш важливими для диференціації полікетид сінтаз першого типу є домени AT and KS.Документ Метаболомний аналіз антимікротичних сполук молочнокислих бактерій чорноморського походження з біотехнологічним потенціалом(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Кімуржий, Ірина ІванівнаПроведено метаболомний аналіз антимікотичних сполук штаму Enterococcus В1.5 чорноморського походження шляхом проведення спектрофотометричного аналізу з подальшою підготовкою проб до мас-спектрометрії. Бактерії штаму Enterococcus В1.5 продукують оцтову кислоту як основний фактор антифунгальної активності у великій кількості (2,97 одиниць абсорбції). Додатково, існує можливіть продукції даним штамом антимікотичних нуклеозидів. Виділені екзометаболіти можуть мати великий біотехнологічний потенціал для застосування у харчовій промисловості.Документ Characterristics of the clusteromes of Bacillus spp. isolated from deep sea sediments of the Blasc Sea(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Xu Liwei,A study of the biological diversity and biosynthetic potential of aerobic endosporeforming bacteria, isolated from the deep-water sediments of Black Sea. Were identified 8 species among 12 sequenced strains. Some strains demonstrate traits of new species. Biosynthetic potential of revealed strains demonstrate genus and species level correlations. There were found many biosynthetic gene clusters of unidentified peptides, which makes given strains a good option for biotechnological research.Документ Development and optimisation of storage methods for mesenchymal stem cells (MSCs) and their exosomes (MSC-Exos) to preserve their therapeutic potential(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Guo Jingjng,This study focuses on optimizing exosome extraction and modification methods to improve their purity, stability, and biomedical applicability. Exosomes were extracted from the supernatant of umbilical cord mesenchymal stem cells using ultracentrifugation and dialysis ultrafiltration. Comparative analysis revealed that ultracentrifugation yielded exosomes with higher purity, consistent particle size, and strong expression of specific markers (TSG101 and CD9), making it the preferred extraction method. Exosome liposomes were successfully prepared using ultrasound and thin-film dispersion methods. The ultrasound method, particularly at an optimal amplitude of 23%, achieved efficient fusion of exosomes and liposomes, as confirmed by fluorescence resonance energy transfer (FRET) technology. This method also retained the specific markers of exosomes (TSG101 and CD9). In stability tests, exosome liposomes prepared by ultrasound demonstrated superior physical and biological stability under short-term storage at 4°C, maintaining consistent particle size, PDI, and Zeta potential, while promoting better cell proliferation compared to thin-film dispersion. The degradation rates of exosome-specific markers were lower for ultrasound-prepared liposomes, supporting their enhanced functional stability. Overall, the study proposes ultracentrifugation as the optimal exosome extraction method and ultrasound (23% amplitude) as the preferred approach for preparing stable and functional exosome liposomes. These findings provide valuable insights for enhancing the biomedical applications of exosomes.Документ Синтез біосурфактантів штамом Alcaligenes faecalis MM, виділеним з Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Яскал, Анастасія ПавлівнаМагістерську роботу “Синтез біосурфактантів штамом Alcaligenes faecalis ММ, виділеним з Чорного моря ” виконана у Центрі морської біології та біотехнології ОНУ імені І. І. Мечникова. За допомогою крапельних тестів було показано, що Alcaligenes faecalis MM здатний ефективно знижувати поверхневий натяг і синтезувати більш активні біосурфактанти, ніж відповідні продукти гібридного штаму A. faecalis MM1. Було встановлено, що біосурфактант, отриманий з A. faecalis MM перевершує контрольний штам щодо емульгуючої активності щодо різних гідрофобних речовин. Індекс Е24 коливається від 41,5 до 72,3%, а порівняльна деформація – від 25,9 до 46,3%. Біосурфактант, отриманий з A. faecalis MM, ефективніше емульгував вуглеводні, а біосурфактант, отриманий з A. faecalis MM, емульгував вуглеводні більш ефективно.Документ Оцінка активності фунгіцидів щодо збудників фузаріозу кукурудзи, поширених на території України(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Тихоновська, Анастасія ВолодимирівнаВ процесі дослідження було проведено оцінювання ефективності 10 сучасних фунгіцидних препарати, які використовуються для контролю популяції збудників фузаріозу на території України. Аналіз проведено за допомогою методу переносу агарового диску, з використанням 15 ізолятів чотирьох видів Fusarium spp., що отримано з п’яти різних областей. Кваліфікаційну роботу «Оцінка активності фунгіцидів щодо збудників фузаріозу кукурудзи, поширених на території України» викладено на 67 сторінках друкованого тексту. Робота включає 35 таблиць та 4 фотографії. У роботі наведено посилання на 50 статей (22 кирилицею та 28 латиницею).Документ Характеристика кластерів генів PKS I та PKS II штамів актинобактерій, ізольованих з біологічних обростань Одеської затоки Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Сторожук, Наталя ВіталіївнаУ даному дослідженні проведено аналіз біосинтетичних генних кластерів (BGCs) полікетидсинтаз I типу (PKS I) та II типу (PKS II) у штамів Streptomyces ambofaciens Myt7b та Streptomyces ambofaciens ONU 561, ізольованих з біологічних обростань Одеської затоки Чорного моря. Для цього були використані біоінформатичні інструменти, доступні в програмному комплексі antiSMASH, з метою виявлення та характеристики цих кластерів і прогнозування їхнього потенціалу щодо синтезу біологічно активних сполук. Результати показали значну схожість Streptomyces ambofaciens Myt7b з відомими видами, здатними синтезувати такі цінні сполуки, як ентероцин, кураміцин та інтоміцин В. Аналіз доменної структури геному Streptomyces ambofaciens ONU 561 показав подібність генетичних кластерів до штамів, які продукують кандицидин і кураміцин. Ці результати підкреслюють потенціал зазначених штамів для синтезу природних продуктів, які можуть бути корисними в біотехнології та медицині.Документ Профілі резистентності спороутворюючих бактерій Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Содольська, Ганна РусланівнаРобота проводилась на кафедрі мікробіології, вірусології та біотехнології ОНУ імені І. І. Мечникова. Досліджено рівнь антибіотикорезистентності у спороутворюючих бактерій Чорного моря. Ідентифікацію спороутворюючих бактерій здійснювали за допомогою морфологічного аналізу. Для оцінки резистентності було застосовано метод Кірбі-Бауера із використанням антибіотиків різних класів (за стандартами EUCAST). На основі аналізу зон інгібування було визначено чутливість тестованих ізолятів до антибактеріальних препаратів та виявлено значну варіабельність у рівнях стійкості. Результати показали високу резистентність до багатьох поширених антибіотиків, зокрема, до ампіциліну та цефалоспоринів, що свідчить про їхню обмежену ефективність. Водночас найбільшу чутливість продемонстровано до ванкоміцину та рифампіцину. Отримані результати показують, що спороутворюючі бактерії, що мешкають у донних відкладеннях Чорного моря, несуть у собі значний пул генів стійкості до антибіотиків.Документ Розповсюдженість лейкозу великої рогатої худоби в Одеській області(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Слишинська, Анна ВалеріївнаВикористовуючи метод імуноферментного аналізу та реакцію імунодифузії в агаровому гелі проведено дослідження розповсюдженості лейкозу великої рогатої худоби в Одеській області. Виявлено наявність позитивних проб на лейкоз у більшій частині досліджених районів. Найбільш складною виявилася ситуація у 2019 та 2023 роках досліджень, коли кількість районів та зареєстрованих випадків хвороби були найвищими. Найбільш неблагополучними виявилися Болградський, Роздільнянський та Тарутинський райони.Документ Профілактика порушень функцій печінки при хронічному стресі у щурів(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Скуртул, Анастасія СергіївнаУ роботі досліджували гепатопротекторну ефективність комплексу транквілізаторів у щурів на тлі тривалого звукового стресу. Стрес відтворювали за допомогою відлякувача гризунів, який надавав ультразвук змінної частоти у комбінації зі звуком чутного діапазону. Наявність ознак стресу оцінювали за органним індексом надниркових залоз, порушення функції печінки – за загально прийнятими «печінковими» маркерами, стан антиоксидантно-прооксидантної системи – за вмістом малонового діальдегіду, активністю каталази, запалення – за активністю еластази у сироватці крові та печінці. Встановлено, що тривалий звуковий стрес у щурів викликав гіпертрофію надниркових залоз, порушення функції печінки, активацію перекисного окиснення ліпідів, розвиток запалення, зниження антиоксидантного захисту у печінці та сироватці крові тварин. Профілактичне введення препаратів Мебікар ІС і Левана ІС щурам в умовах звукового стресу попереджувало розвиток гіпертрофії надниркових залоз, запобігало встановленим функціональним порушенням печінки, запаленню та надавало антиоксидантну дію.Документ Застосування динамічної електронейростимуляції для корекції порушень у системі гемостазу хворих на цукровий діабет(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Палагнюк, Валентина АнатоліївнаВ дослідженні показано, що включення в комплексне лікування хворих, страждаючих на цукровий діабет 2 типу, ускладнений гнійно-некротичними поразками нижніх кінцівок, методу транскутанної електронейростимуляції допомагає корекції порушень в системі гемостазу і обміну речовин, що сприяє більш швидкому поліпшенню самопочуття і відновленню функціональних показників хворих.Документ Мікробіота піхви у репродуктивному періоді жінки та під час менопаузи(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2024) Новохацька, Ганна ІванівнаВивчали мікробіоту вагінального секрету у жінок різних вікових категорій, що проходили обстеження у приватній жіночій кліниці «Аірмед» м. Одеси. Загальна бактеріальна маса та кількість лактобактерій у жінок репродуктивного віку варіювала від 105,4 до 108,5 ге/мл; кількість факультативно аеробних/анаеробних мікроорганізмів була меншою за кількість лактобактерій більш ніж на 2 порядки. У більшості обстежених жінок репродуктивного віку облігатно-анаеробні мікроорганізми груп Gardnerella vaginalis/Prevotella bivia/Porphyromonas spp. та Eubacterium spp. виявлені у кількості від 102 до 105 ге/мл. У пери- та постменопаузі відбувається значне зменьшення частки лактобактерій (99,52 % < 44,05 %, <10,62 %) із заміною їх на переважно анаеробні мікроорганізми, кількість яких поступово зростала (0,26 %, 25,77 % та 45,66 %). У жінок репродуктивного віку переважав абсолютний та відносний нормоценоз піхви (25,8 % та 63,9 %, відповідно). Абсолютний нормоценоз був виявлений тільки у 10,7 % жінок у перименопаузі та у 15,4 % жінок у постменопаузі, у більшості випадків реєстрували помірний аеробно-анаеробний дисбаланс.