Characteristics of the secondary clusters organization in some representatives of the Pseudomonas genus
Ескіз недоступний
Дата
2024
Автори
Науковий керівник
Укладач
Редактор
Назва журналу
ISSN
E-ISSN
Назва тому
Видавець
Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Анотація
В роботі охарактеризовано та порівняно кластерну організацію генів вторинних метаболітів серед деяких представників роду Pseudomonas.
За допомогою сервера antiSMASH в геномі Pseudomonas aeruginosa PA01 виявлено 16 кластерів біосинтетичних генів. Досліджувані види псевдомонад демонструють кластери генів, які переважно кодують нерибосомні пептид-синтетази та полікетид-синтази, які є ключовими для виробництва вторинних метаболітів. Ідентифіковано основні кластери генів, що відповідають за синтез наступних сполук: арилполієн, ациламінокислоти, β-лактами, β-лактони, бутиролактони, гомосеринелактони, лантипептид класу II, нерибосомальні пептиди, N-ацетилглутамін амід, феназини, сидерофори тощо. Встановлені вторинних метаболіти Pseudomonas spp. характеризуються широким спектром біологічної активності, що робить їх перспективними для розробки нових сполук з антимікробним потенціалом або для застосування в екологічній сфері.
During this study the characteristics and comparison of the cluster gene organization of secondary metabolites in some Pseudomonas genus representatives were carried out. A total of 16 biosynthetic gene clusters were found in the genome of Pseudomonas aeruginosa PA01 using the antiSMASH server. The studied Pseudomonas species exhibit gene clusters, predominantly encoding non-ribosomal peptide synthetases and polyketide synthases, which are crucial for secondary metabolite production. There are identified a major gene cluster classes that are responsible for the synthesis of such secondary metabolites as aryl polyene, acyl-amino acids, β-lactam, β-lactone, butyrolactone, tRNA-dependent cyclodipeptide synthases, ectoine, homoserinelactone, lantipeptide class II, nonribosomal peptides, N-acetylglutamine amide, phenazines, siderophores etc. The secondary metabolites of Pseudomonas spp. exhibit a diverse array of biological activities, rendering them promising for the development of novel antimicrobial agents and applications in environmental science.
During this study the characteristics and comparison of the cluster gene organization of secondary metabolites in some Pseudomonas genus representatives were carried out. A total of 16 biosynthetic gene clusters were found in the genome of Pseudomonas aeruginosa PA01 using the antiSMASH server. The studied Pseudomonas species exhibit gene clusters, predominantly encoding non-ribosomal peptide synthetases and polyketide synthases, which are crucial for secondary metabolite production. There are identified a major gene cluster classes that are responsible for the synthesis of such secondary metabolites as aryl polyene, acyl-amino acids, β-lactam, β-lactone, butyrolactone, tRNA-dependent cyclodipeptide synthases, ectoine, homoserinelactone, lantipeptide class II, nonribosomal peptides, N-acetylglutamine amide, phenazines, siderophores etc. The secondary metabolites of Pseudomonas spp. exhibit a diverse array of biological activities, rendering them promising for the development of novel antimicrobial agents and applications in environmental science.
Опис
Ключові слова
162 Biotechnologies and bioengineering, магістр, кластери біосинтетичних генів, Pseudomonas spp., вторинні метаболіти, спектр біологічної активності, філогенетичний аналіз, biosynthetic gene clusters, secondary metabolites, biological activity spectrum, phylogenetic analysis
Бібліографічний опис
Fan Wentong. Characteristics of the secondary clusters organization in some representatives of the Pseudomonas genus = Характеристика організації вторинних кластерів у деяких представників роду Pseudomonas : qualification work (thesis) for «Master» / Fan Wentong. – Odesa, 2024. – 55 P.