Дослідження кластерів генів вторинних метаболітів штаму Bacillus subtilis ODLBC-200 ізольованого з Чорного моря
Ескіз недоступний
Дата
2024
Науковий керівник
Укладач
Редактор
Назва журналу
ISSN
E-ISSN
Назва тому
Видавець
Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Анотація
В роботі було досліджено штам Bacillussubtilisstrain ODLBC–200 за допомогою біоінформатичних методів, для визначення кластерів генів,які відповідають за біосинтез вторинних метаболітів з використанням програм BAGEL4, CARD та antiSMASH було виявлено 15 кластерів генів, серед яких зустрічаються кластери нерибосомальних пептидних синтетаз, полікетидсинтаз та гібридні кластери, що здатні до синтеза сполук з різноманітною біологічною активністю. Анотацію генома штамуBacillussubtilisstrainODLBC–200 було проведено з використанням серверів RAST, PATRIK, DFAST, індентичність нуклеотидів (OrthoANI). З використанням TYGS та ОrthoANI проведено філогенетичний аналіз штаму та визначено ідентичність нуклеотидів між найближчими геномами. Дипломнуроботу «Дослідження кластерів генів вторинних метаболітів штаму Bacillussubtilisstrain ODLBC–200 ізольованого з Чорного моря " викладено на 99 сторінахдрукованого тексту вона включає 32 рисункита 10таблиць. Наведено посилання на 98 джерел літератури.
In the work, the Bacillus subtilis strain ODLBC–200 was investigated using bioinformatics methods to determine gene clusters responsible for the biosynthesis of secondary metabolites using the BAGEL4, CARD and antiSMASH programs. 15 gene clusters were found, among which there are clusters of non–ribosomal peptide synthetases, polyketide synthases and hybrid clusters capable of synthesizing compounds with various biological activities. Genome annotation of Bacillus subtilis strain ODLBC–200 was carried out using RAST, PATRIK, DFAST servers. nucleotide identity (OrthoANI). Using TYGS and OrthoANI, a phylogenetic analysis of the strain was performed and nucleotide identity between the nearest genomes was determined. The thesis "Study of gene clusters of secondary metabolites of Bacillus subtilis strain ODLBC–200 isolated from the Black Sea" is laid out on 99 pages of printed text, it includes 32 figures and 10 tables. References to 98 literature sources are given..
In the work, the Bacillus subtilis strain ODLBC–200 was investigated using bioinformatics methods to determine gene clusters responsible for the biosynthesis of secondary metabolites using the BAGEL4, CARD and antiSMASH programs. 15 gene clusters were found, among which there are clusters of non–ribosomal peptide synthetases, polyketide synthases and hybrid clusters capable of synthesizing compounds with various biological activities. Genome annotation of Bacillus subtilis strain ODLBC–200 was carried out using RAST, PATRIK, DFAST servers. nucleotide identity (OrthoANI). Using TYGS and OrthoANI, a phylogenetic analysis of the strain was performed and nucleotide identity between the nearest genomes was determined. The thesis "Study of gene clusters of secondary metabolites of Bacillus subtilis strain ODLBC–200 isolated from the Black Sea" is laid out on 99 pages of printed text, it includes 32 figures and 10 tables. References to 98 literature sources are given..
Опис
Ключові слова
162 біотехнології та біоінженерія, бакалавр, Bacillussubtili, кластери генів, анотація геномів, вторинні метаболіти, gene clusters, genome annotation, secondary metabolites
Бібліографічний опис
Александрович, Д. О. Дослідження кластерів генів вторинних метаболітів штаму Bacillus subtilis ODLBC-200 ізольованого з Чорного моря = Study of gene clusters of secondary metabolites of Bacillus subtilis strain ODLBC-200 isolated from the Black Sea : дипломна робота бакалавра / Д. О. Александрович. – Одеса, 2024. – 99 с.