Порівняльний аналіз кластерів біосинтетичних генів штаму Bacillus subtilis ONU 1125 з іншими представниками роду Bacillus
Альтернативна назва
Comparative analysis of biosynthetic gene clusters of Baсillus subtilis strain ONU 1125 with other representatives of the genus Basillus
Ескіз недоступний
Дата
2025
Науковий керівник
Укладач
Редактор
Назва журналу
ISSN
E-ISSN
Назва тому
Видавець
Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Анотація
Проведено комплексне порівняльне дослідження біосинтетичних генних кластерів (BGC) вторинних метаболітів у представників роду Bacillus, ізольованих із різних середовищ з ізолятом з донних відкладень Чорного моря Bacillus subtilis ONU 1125. За допомогою інструментів біоінформатичного аналізу такими як antiSMASH, TYGS, BiG-SCAPE, clinker, UniProt, 3D-моделювання встановлено видові відмінності у складі та структурній організації кластерів PKS, NRPS, RiPP, та терпенових шляхів.
Оцінено унікальність і еволюційні зв’язки BGC, виявлено консервативні ядра та додаткові модифікуючі гени, що формують різноманітний хімічний потенціал Bacillus. Проведено порівняння з промисловими штамами з метою визначення перспективних цілей для інженерної оптимізації BGC. Показано потенціал морських ізолятів Bacillus як джерела нових біоактивних молекул. Застосовані методи продемонстрували ефективність genome mining для виявлення природних продуктів.
A comprehensive comparative analysis of biosynthetic gene clusters (BGCs) for secondary metabolites was performed across Bacillus species, with Black Sea isolate Bacillus subtilis ONU 1125. Using bioinformatic tools such as antiSMASH, TYGS, BiG-SCAPE, clinker, UniProt, 3D-modelling, species-specific differences in PKS, NRPS, RiPP, and terpenoid, pathways were identified. BGC uniqueness, evolutionary relationships, core genes, and tailoring enzymes were assessed. Comparison with industrial strains identified targets for engineering. Marine isolates show potential as sources of novel bioactive molecules. Genome mining proved effective for discovering cryptic metabolites. The qualification thesis comprises 87 pages and includes 4 tables and 13 figures. The reference list contains 87 sources in Latin script.
A comprehensive comparative analysis of biosynthetic gene clusters (BGCs) for secondary metabolites was performed across Bacillus species, with Black Sea isolate Bacillus subtilis ONU 1125. Using bioinformatic tools such as antiSMASH, TYGS, BiG-SCAPE, clinker, UniProt, 3D-modelling, species-specific differences in PKS, NRPS, RiPP, and terpenoid, pathways were identified. BGC uniqueness, evolutionary relationships, core genes, and tailoring enzymes were assessed. Comparison with industrial strains identified targets for engineering. Marine isolates show potential as sources of novel bioactive molecules. Genome mining proved effective for discovering cryptic metabolites. The qualification thesis comprises 87 pages and includes 4 tables and 13 figures. The reference list contains 87 sources in Latin script.
Опис
Ключові слова
162 біотехнологія та біоінженерія, магістр, Bacillus, вторинні метаболіти, BGC, NRPS, PKS, RiPP, genome mining, біоінженерія, secondary metabolites, bioengineering
Бібліографічний опис
Александрович, Д. О. Порівняльний аналіз кластерів біосинтетичних генів штаму Bacillus subtilis ONU 1125 з іншими представниками роду Bacillus = Comparative analysis of biosynthetic gene clusters of Baсillus subtilis strain ONU 1125 with other representatives of the genus Basillus : кваліфікаційна робота магістра / Д. О. Александрович. – Одеса, 2025. – 87 с.