Перегляд за Автор "Semenets, Anastasiia S."
Зараз показуємо 1 - 17 з 17
Результатів на сторінці
Налаштування сортування
Документ BACTERIAL COMMUNICATION SYSTEMS(Печатний дом, 2012) Semenets, Anastasiia S.It has known for a decade that bacteria can interact with each other via specific communication systems. These cell-to-cell communication mechanisms are used to regulate the expression of genes involved in diverse functions, such as bioluminescence, virulence, genetic competence, or the production of antimicrobial compounds. Modulation of the genes involved is done in a co-ordinated and cell density-dependent manner and has been termed quorum sensing.Документ Biofilm formation of pseudomonas aeruginosa PA01 AwspF1 strain with high c-di-GMP level(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Semenets, Anastasiia S.; Finogenova, M. O.; Galkin, Mykola B.; Галкін, Микола БорисовичBis-(3-5')-cyclic dimeric guanosine monophosphate (c-di-GMP) is in the spotlight of the scientists as the result of last achievement of microbial genomics and great interests in microbial communities [6, 8]. Depends on concentration of this regulator bacteria shifts its life-form from motile to sessile (biofilm formation) [7]. Aim was to determine swarming motility and biofilm formation abilities in P. aeruginosa PA01 AwspF1, with high c-di-GMP level.Документ Fatty acid profiles in planktonic and bi ofi lm P. aeruginosa cells with different level of c-di-GMP(2018) Galkin, Mykola B.; Semenets, Anastasiia S.; Finogenova, M. O.; Галкін, Микола БорисовичPseudomonas aeruginosa is a Gram-negative pathogen responsible for a variety of opportunistic infections, including chronic airway infections in patients with cystic fibrosis (CF). During the course of chronic infection, P. aeruginosa forms matrix-encased, surface-associated communities called biofilms. Biofilms are thought to contribute to persistence in the CF airway by contributing to evasion of the host immune response and antimicrobial therapy. Biofilm communities differ from planktonic bacterial cultures not only in terms of their metabolic activity but they also display stage-specific phenotypes during development and considerable spatial heterogeneity of physiological condition. Cells alter the fatty acid composition of their lipids to maintain membrane fluidity with varying environmental conditions. In this study, fatty acid profiles of biofilms versus planktonic cells of the P. aeruginosa with different level of intracellular c-di-GMP were compared.Документ Polysaccharides production by Pseudomonas c-di-gmp mutants(2015) Finogenova, M. O.; Semenets, Anastasiia S.During the past decade, there has been a renewed interest in using Pseudomonas aeruginosa as a model system for biofilm development. Pseudomonads, and in particular Pseudomonas aeruginosa, are among the beststudied biofilm formers, due to the long history of study of these bacteria, their genetic tractability and the availability of the genome sequence (O'Toole, 2003). One of the most well studied biofilm component is matrix (extracellular polymeric substance). It is a complex of biopolymers, synthesized by microorganism in biofilm. It consists of polysaccharides, structural proteins, etc. Matrix plays an important role in biofilm architecture forming and separates biofilm from the environment. Among others matrix components are exopolysaccharides (EPS) that provides a viscous structure of matrix and allows evenly distribute unfavorable substances throughout the biofilm (antibiotics, disinfectants) (Fleming, 2010). It should be mentioned that biofilm formation is in direct proportion to the level of secondary messenger c-di-GMP biosynthesis.Документ Rhamnolipids biosynthesis by Pseudomonas aeruginosa with incercase level cyclic diguanylate(Odesa I. I. Mechnikov National University, 2016) Semenets, Anastasiia S.; Dyachuk, A.; Kovtun, I.; Arieshkina, A.Surfactants constitute important class of industrial chemicals, widely used in each sector of modern industry. Stiffness environmental regulations and increase knowledge about necessity the protection of ecosystem, adduce to raising interest of biosurfactants, as possible alternative of surfactants.Документ Rhamnolipids biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa in the presence of the exogenous autoinducers of intercellular cooperation(2015) Galkin, Mykola B.; Semenets, Anastasiia S.; Maliarchyk, I. O.; Галкін, Микола БорисовичRhamnolipids biosurfactants are one of the most important secondary metabolites in P. aeruginosa controlled by quorum sensing system. The aim of this work was discovering of the rhamnolipids biosynthesis in P. aeruginosa in presence of exogenic autoinducers and their synthetic analogs. Study of rhamnolipids biosynthesis was performed on four Pseudomonas aeruginosa strains: АТСС 9027, АТСС 27853, ATCC 15692 and ATCC 10145 in presence of quorum sensing exogenous autoinducers: N-(3-oxo-dodecanoyl)homoserinlacton (3-oxo-С12-HSL), N-butiryl-homoserinlacton (С4-HSL), 2-heptyl-3-hydroxy-4-quinolon (PQS) and its synthetic analogs (2-octyl-, 2-nonyl- or 2-lauryl-3-hydroxy-4-quinolon). It was shown that biosurfactants biosynthesis in P. aeruginosa strains activated in late logphase, and after transition into stationary phase rhamnolipids level increase permanently, depending on incubation time. Rhamnolipids biosynthesis in "planctonic-biofilm" system was more effective than in suspension.Документ Sensitivity determining of c-di-GMP Pseudomonas aeruginosa strains by disk diffusion method(Odesa I. I. Mechnikov National University, 2016) Lisova, O. O.; Finogenova, M. O.; Semenets, Anastasiia S.С-di-GMP controls the switch between motile and sessile lifestyles: high cellular levels of c-di-GMP promote exopolysaccharides production and surface adhesion, leading to biofilm formation; on the other hand, low c-di-GMP levels result in flagellar gene-expression and increased cellular motility (RÖmling et al., 2013). Antimicrobial therapy has played a crucial role in the treatment of infectious diseases in humans in XX century, as the use of antibiotics significantly reduced mortality from infection.Документ Sensitivity to ciprofloxacin of Pseudomonas aeruginosa strains with different levels of C-DI-GMP biosynthesis(Odessa I. I. Mechnikova National University, 2017) Semenets, Anastasiia S.; Lisova, O. O.; Filipova, Tetiana O.It was investigated the antibiotics sensitivity of Pseudomonas aeruginosa strains with different levels of c-di-GMP biosynthesis: PA01 Δ 100 wspF1 (increased biosynthesis level) and PA01 pJN2133 (low level of biosynthesis) in comparison with the collection P. aeruginosa strains: РА01 and ATСС 27853. Not established significant differences between the strains sensitivity to ciprofloxacin. It is shown that the minimum concentration of ciprofloxacin that inhibit biofilm formation is significantly lower than minimum inhibitory concentrations of P. aeruginosa growth. It is established that subinhibitory concentrations of ciprofloxacin violates the biofilms morphology.Документ Swarming motility in Pseudomonas aeruginosa c-di-gmp mutants(2015) Semenets, Anastasiia S.; Filipova, Tetiana O.Pseudomonas aeruginosa is a model organism for the study of bacterial social behavior, or «sociomicrobiology» (Parsek and Greenberg, 2005). There are two types of social behavior – biofilm formation and free cells (Davies et al., 1998). One of important factors for P. aeruginosa biofilm development is motility. Swarming in Pseudomonas aeruginosa is a third mode of surface translocation in addition to the swimming and twitching motilities. Swarming has been characterized as flagellar-assisted movement on a viscous surface, such as that found on solid medium containing low percentage agar (Giltner et al., 2006)Документ The comparison of siderophores content in bacteria isolated from Black Sea mussels(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2023) Martynenko, S. A.; Finohenova, Mariia O.; Semenets, Anastasiia S.; Galkin, Mykola B.; Мартиненко, С. А.; Фіногенова, Марія Олексіївна; Семенець, Анастасія Сергіївна; Галкін, Микола БорисовичThis research was carried out for determination of ability to produce siderophores by strains of Pseudomonas aeruginosa and Bacillus sp. isolated from Black Sea mussels and for studying characteristics of their synthesis at mono- and co-cultivation of researched strains. Materials and methods. In the study we used four strains of Pseudomonas aeruginosa and two strains of Bacillus sp. Monocultivation and co-cultivation were carried out with these strains on a LB medium. CAS (chrome azurol S) analysis was used to determine the content of synthesized siderophores, the measurement was carried out in spectrophotometer SmartSpec Plus at 630 nm. Conclusions. This study showed that marine strains of P. aeruginosa can produce more siderophores than marine strains of Bacillus sp. At monocultivation, strain P. aeruginosa М1 was able to produce the largest amount of siderophores with value of SU (siderophores units) 65 ± 4% and the smallest one strain B. atrophaeus МН4 with value of SU 21 ± 1%. Co-cultivation provides an increase in production of siderophores in each strain, that is the result of special interactions between different microorganisms. And through it, the combination B. subtilis MC3+P. aeruginosa M1 demonstrated the highest content of siderophores with value of SU 81 ± 6%, the lowest content was shown by combination B. atrophaeus МН4+P. aeruginosa M3 with value of SU 41 ± 4%. And such results showed that co-cultivation is the useful method for obtaining more content of siderophores from already famous strains.Документ The role of c-di -gmp in the Pseudomonas aeruginosa rhamnolipids biosynthesis(2017) Galkin, Borys M.; Semenets, Anastasiia S.; Dushenkovskii, D.; Kladnitskii, V. Y.; Галкін, Борис Миколайович; Галкин, Борис НиколаевичBis-(3-5’)-cyclic dimeric guanosine monophosphate (c-di-GMP) is in the spotlight of the scientists as the result of last achievement of microbial genomics and great interests in microbial communitiesДокумент Біосурфактанти морських мікроорганізмів: ІI. Потенційні можливості застосування в медицині(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2022) Галкін, Микола Борисович; Фіногенова, Марія Олексіївна; Семенець, Анастасія Сергіївна; Галкін, Борис Миколайович; Філіпова, Тетяна Олегівна; Галкин, Николай Борисович; Финогенова, Мария Алексеевна; Семенец, Анастасия Сергеевна; Галкин, Борис Николаевич; Филиппова, Татьяна Олеговна; Galkin, Borys M.; Finohenova, Mariia O.; Semenets, Anastasiia S.; Galkin, Mykola B.; Filipova, Tetiana O.Морські мікроорганізми мають унікальні метаболічні та фізіологічні особливості і є важливим джерелом нових біомолекул, зокрема, таких як біосурфактанти. Деякі з поверхнево-активних сполук, синтезованих морськими мікроорганізмами, виявляють антимікробну, антиадгезивну та антибіоплівкову активність щодо широкого спектру патогенних мікроорганізмів, які резистентні до антибіотиків та протимікробних препаратів. Біоповерхнево-активні речовини (Біо-ПАР) виявляють протипухлинну активність, що можна розглядати як альтернативу традиційній терапії. У цьому огляді розглядаються найважливіші біосурфактанти, що виробляються морськими мікроорганізмами, які можуть застосовуватися у медицині, як альтернативи існуючим препаратам.Документ Біосурфактанти морських мікроорганізмів: ІII. Застосування у промислових технологіях(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2022) Галкін, Борис Миколайович; Galkin, Borys M.; Фіногенова, Марія Олексіївна; Finohenova, Mariia O.; Галкін, Микола Борисович; Galkin, Mykola B.; Семенець, Анастасія Сергіївна; Semenets, Anastasiia S.; Філіпова, Тетяна Олегівна; Filipova, Tetiana O.Поверхнево-активні речовини (ПАР) та емульгатори завдяки здатності зменшувати міжфазне натягнення широко використовуються у різних галузях промисловості. Більшість ПАР, що застосовуються сьогодні, виробляється з невідновлюваних нафтохімічних сировинних ресурсів та є небезпечними для живих істот і довкілля. Біосурфактанти (Біо-ПАР) синтезуються мікроорганізмами з відновлюваних сировинних ресурсів, зокрема, з відходів харчової промисловості, є перспективною альтернативою хімічнім ПАР завдяки їх біологічній трансформації та екологічності. Перевагами Біо-ПАР, що продукуються представниками морської мікробіоти, є, що вони проявляють свою активність в широкому діапазоні температур, рН та солоності. Показано, що ці біосурфактанти крім поверхнево-активних властивостей часто чинять також інші види активності: антимікробну, протибіоплівкову, антиоксидантну. Встановлено, що біосурфактанти морських мікроорганізмів можуть широко використовуватися у таких галузях, як виробництво засобів гігієни, фармацевтиці, косметології, харчовій промисловості, сільському господарстві, біоремедіації, нафтовидобуванні.Документ Біосурфактанти морських мікроорганізмів: І. Структура та функції(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2021) Галкін, Борис Миколайович; Галкин, Борис Николаевич; Galkin, Borys M.; Фіногенова, Марія Олексіївна; Финогенова, Мария Алексеевна; Finohenova, Mariia O.; Семенець, Анастасія Сергіївна; Семенец, Анастасия Сергеевна; Semenets, Anastasiia S.; Галкін, Микола Борисович; Галкин, Николай Борисович; Galkin, Mykola B.; Філіпова, Тетяна Олегівна; Филиппова, Татьяна Олеговна; Filipova, Tetiana O.Морські мікроорганізми мають унікальні метаболічні та фізіологічні особливості і є важливим джерелом нових біомолекул, зокрема, таких як поверхнево-активні речовини (Біо-ПАР). Низькомолекулярні біосурфактанти представлені гліколіпідами, фосфоліпідами, жирними кислотами, ліпопептидами та ліпопротеїдами, а високомолекулярні – сумішами гетерополіцукридів, ліпополіцукридів, ліпопротеїдів та білків. Основні роди бактерій, які виробляють Біо-ПАР це Pseudomonas, Bacillus, Acinetobacter, Antarctobacter, Rhodococcus, Halomonas, Alcanivorax, Pseudoalteromonas та Marinobacter. У огляді розглядаються структура та функції Біо-ПАР, виділених з морських мікроорганізмів.Документ Вплив антибіотиків на біоплівки штамів Pseudomonas aeruginosa з різним рівнем вмісту циклічного дигуанозинмонофосфату(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Семенець, Анастасія Сергіївна; Галкін, Микола Борисович; Галкін, Борис Миколайович; Філіпова, Тетяна Олегівна; Семенец, Анастасия Сергеевна; Галкин, Николай Борисович; Галкин, Борис Николаевич; Филиппова, Татьяна Олеговна; Semenets, Anastasiia S.; Galkin, Mykola B.; Galkin, Borys M.; Filipova, Tetiana O.Мета роботи: встановлення впливу антибіотиків на процес утворення та зрілу біоплівку штамів P. aeruginosa з різними рівнями вмісту циклічного дигуанозинмонофосфату (цикло-ди-ГМФ). Методи. Як тест-мікроорганізми використовували штами P. aeruginosa PA01, P. aeruginosa PA01 Δ wspF (підвищений вміст цикло-ди-ГМФ) і P. aeruginosa PA01 pJN2133 (знижений вміст цикло-ди-ГМФ). Культивування проводили у пробірках при визначенні мінімальних інгібувальних концентрацій (МІК) антибіотиків або у 96-лункових плоскодонних планшетах Nuclon у середовищі LB при 37 оС впродовж 24 годин при дослідженні утворення біоплівки. Для оцінки впливу досліджуваних антибіотиків на зрілу біоплівку їх додавали в лунки через добу після початку інкубації, видаляючи попередньо планктонні клітини. Кількість планктонних клітин оцінювали спектрофотометрично, масу біоплівки – за методом забарвлення кристалічним фіолетовим. Результати. Після попередньої оцінки чутливості штамів до широкого спектру антибіотиків за диско-дифузійним методом Кірбі-Бауера для вивчення були відібрані стрептоміцин, ципрофлоксацин та цефепім, чутливими до яких виявилися усі досліджувані штами. Мінімальні інгібувальні концентрації ципрофлоксацину і стрептоміцину були однаковими для усіх штамів P. aeruginosa і становили 0,15 та 10 мкг/мл, відповідно. Більш чутливим до цефепіму виявився штам P. aeruginosa PA01 pJN2133 (МІК 12,5 мкг/мл). МІК цього антибіотику для двох інших штамів становила 20 мкг/мл. За додавання антибіотиків на початку культивування усі вони ефективно знижували кількість планктонних клітин (на 70–90%) і масу біоплівок (на 40–70%). При цьому не було встановлено відмінностей між штамами з різнім вмістом цикло-ди-ГМФ. За впливу на зрілу біоплівку ципрофлоксацин пригнічував утворення клітин персистерів, але знижував масу біоплівки лише у P. aeruginosa PA01 pJN2133. Цефепім і стрептоміцин знижували вміст персистерів лише у концентраціях 5 і 10 мкг/мл і не чинили впливу на біоплівки. Висновки. Знижений вміст цикло-ди-ГМФ у клітинах P. aeruginosa підвищує чутливість біоплівок до антимікробних препаратів. Ципрофлоксацин є найбільш перспективним антибіотиком для розробки комбінованих засобів, здатних запобігати утворенню біоплівок псевдомонадами та руйнувати їх.Документ Синтез біосурфактантів бактеріями Pseudomonas Aeruginosa, ізольованими з поверхні мушель мідій Чорного Моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2021) Пріщенко, Іван Вікторович; Прищенко, И.В.; Prishchenko, I.V.; Фіногенова, Марія Олексіївна; Финогенова, Мария Алексеевна; Finohenova, Mariia O.; Галкін, Борис Миколайович; Галкин, Борис Николаевич; Galkin, Borys M.; Галкін, Микола Борисович; Галкин, Николай Борисович; Galkin, Mykola B.; Метеліцина, І. П.; Метелицина, И. П.; Metelitsyna, I. P.; Філіпова, Тетяна Олегівна; Филиппова, Татьяна Олеговна; Filipova, Tetiana O.; Семенець, Анастасія Сергіївна; Семенец, Анастасия Сергеевна; Semenets, Anastasiia S.; Калєва, Г.С.; Калева, А.С.; Kaleva, G.S.Мета. Встановлення здатності до синтезу поверхнево-активних сполук бактерій Pseudomonas aeruginosa, ізольованих з мушель чорноморських мідій. Методи. Під час досліджень було використано кілька штамів морських Pseudomonas spp, виділених із забруднених нафтовими вуглеводнями ділянок Чорного моря: P. aeruginosa M1, P. aeruginosa M4, та P. aeruginosa PA01 як референтний штам, які вирощували у суспензійних та біоплівкових культурах у середовищах LB та Гіса. Культивування штамів Pseudomonas aeruginosa проводили при 37 °C протягом 120 і 168 годин. Ріст планктонної культури визначали спектрофотометрично при довжині хвилі 600 нм. Масу біоплівки визначали спектрофотометрично при довжині хвилі 592 нм за допомогою CV-тесту. Наявність поверхнево-активних сполук оцінювали у дроп-тесті. Кількісний вміст рамноліпідів визначали за кольоровою реакцією рамнози з орцином. Результати. Штами P. aeruginosa M1 і M4, виділені з поверхонь чорноморських мідій, синтезують на 25% і 66% більше ПАР, ніж штам PA01. Усі штами в середовищі Гіса синтезували у 10–20 разів менше рамноліпідів ніж у середовищі LB. У біоплівкових культурах спостерігається така ж залежність синтезу біосурфактанта від складу живильного середовища, що й у суспензійних культурах. За інтенсивністю продукції рамноліпідів у біоплівкових культурах досліджувані штами можна розташувати таким чином: P. aeruginosa M4 > P. aeruginosa M1 >> P. aeruginosa PA01. Висновки. Штами P. aeruginosa, виділені з Чорного моря, є більш ефективними продуцентами рамноліпідів, ніж еталонний штам P. aeruginosa PA01; Інтенсивність синтезу біосурфактантів істотно залежить від складу живильного середовища та способу вирощування.Документ Утворення біоплівки та рухливість бактерій Pseudomonas Aeruginosa з різними рівнями вмісту циклічного дигуанозинмонофосфату(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Галкін, Микола Борисович; Семенець, Анастасія Сергіївна; Фіногенова, Марія Олексіївна; Галкін, Борис Миколайович; Філіпова, Тетяна Олегівна; Галкин, Николай Борисович; Семенец, Анастасия Сергеевна; Финогенова, Мария Алексеевна; Галкин, Борис Николаевич; Филиппова, Татьяна Олеговна; Galkin, Mykola B.; Semenets, Anastasiia S.; Finohenova, Mariia O.; Galkin, Borys M.; Filipova, Tetiana O.Мета роботи: встановлення особливостей утворення біоплівки штамами Pseudomonas aeruginosa з різними рівнями вмісту циклічного дигуанозинмоно-фосфату(цикло-ди-ГМФ) та переміщення їх клітин шляхом плавання, роїння і смикання. Матеріали та методи. У дослідженні були використані штам дикого типу P. aeruginosa PA01 і штами P. aeruginosa з низьким (PAO1 pJN2133) та підвищеним (PA01 ΔwspF1) рівнями цикло-ди-ГМФ. Культивування проводили в 24-лункових плоскодонних планшетах Nuclon у середовищі LB при 37 оС впродовж 24 годин. Кількість планктонних клітин оцінювали спектрофотометрично, масу біоплівки – за методом забарвлення кристалічним фіолетовим. Рухливість клітин визначали на чашках Петрі з використанням середовищ з різним вмістом агару: плавання 0,3%, роїння 0,6% та смикання 1,5%. Струк- туру біоплівок оцінювали за допомогою світлової та лазерної конфокальної мікроскопії. Результати. Встановлено, що P. aeruginosa PA01 pJN2133 порівняно з P. aeruginosa PA01 і PA01 ΔwspF1 утворює біоплівку з порушеною структурою, маса якої знижена у 3,7 і 5 разів, відповідно. У той же час, кількість планктонних клітин над біоплівкою P. aeruginosa PA01 pJN2133 була вищою ніж у двох інших штамів. За морфологією біоплівки штамів P. aeruginosa PA01 і PA01 ΔwspF1 виявилися подібними: містили 3D структури, які у разі штаму дикого типу були за розміром більшими і чітко відокремленими одна від одної. Біоплівка P. aeruginosa PA01 pJN2133 рівномірно покривала поверхню, була дуже тонкою і не містила тривимірних компонентів. Встановлено, що найбільш рухливими при здійснені усіх типів переміщення по поверхні є клітини штаму P. aeruginosa PA01 pJN2133. Штами P. aeruginosa PA01 і PA01 ΔwspF1 мали однакову активність при переміщенні шляхом плавання і смикання, але різнилися за здатністю до роїння – у P. aeruginosa PA01 ΔwspF1 цей процес блокований. Діаметр зони розповсюдження клітин P. aeruginosa PA01 pJN2133 шляхом роїння становив 62 мм і в 1,4 рази перевищував показник P. aeruginosa PA01 – 43 мм. Морфологія зон роїння цих штамів суттєво різнилася за низкою ознак. Висновки. Низький внутрішньоклітинний вміст цикло-ди-ГМФ перешкоджає утворенню повноцінної біоплівки і сприяє планктонному способу існування P. aeruginosa PA01 pJN2133 та активному переміщенню клітин різними поверхнями. Підвищений рівень цикло-ди-ГМФ забезпечує формування біоплівки з більшою у порівнянні з контрольним штамом масою, і гальмує процес роїння у P. aeruginosa PA01 ΔwspF1.