Перегляд за Автор "Popovych, Yuliia A."
Зараз показуємо 1 - 9 з 9
Результатів на сторінці
Налаштування сортування
Документ Association between allelic variants of Gli-B1 locus and polymorphism of microsatellite locus Taglgap in bread wheat varieties(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2021) Popovych, Yuliia A.; Blagodarova, O. M.; Chebotar, Sabina V.; Чеботар, Сабіна Віталіївна; Попович, Юлія АндріївнаGliadins are one of two main wheat storage proteins that form gluten complex and thus determine flour breadmaking properties. Therefore, gliadin genes are an important trait/marker for breeding. Gliadin genes are localized at six main loci on the 1-st and 6-th chromosomes of each subgenome and eight minor. Two classifications of gliadins are developed on the basis of acid PAGE method: by Sozinov and Popepelya [1996] (often used in Ukraine) and by Metakovsky et al. [1995] (international). Every allelic variant in this case is a complex of linked polypeptide genes inherited as one simple Mendelian trait. Due to the complexity of APAGE method, it is possible to detect some allelic variants by PCR method during selection and breeding process. The aim of the study was to explore the polymorphism of microsatellite locus Taglgap and to analyze its association with polymorphism of allelic variants of gliadins.Документ Bioinformatic analysis of nucleotide sequences of Gli‑1 loci of Triticum aestivum l.(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2022) Popovych, Yuliia A.; Blagodarova, O. M.; Chebotar, Sabina V.; Попович, Юлія Андріївна; Благодарова, O. M.; Чеботар, Сабіна ВіталіївнаThe wheat seed storage protein, gliadin, has immense and well studied polymorphism based on the multiple allelism at each of the six main Gli loci. Therefore, gliadin alleles provide a set of suitable genetic markers for the identification and comparison of wheat genotypes.Документ Polymorphism of ɣ-gliadin loci Gli-A1, Gli-B1 and Gli-D1 in bread wheat varieties that have different electrophoretic variants of gliadins(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2019) Popovych, Yuliia A.; Metakovsky, E. V.; Chebotar, Galyna O.; Chebotar, Sabina V.; Попович, Юлія Андріївна; Чеботар, Галина Олександрівна; Чеботар, Сабіна ВіталіївнаCollection of 44 bread wheat varieties (Triticum aestivum L.) from different countries that have been characterized by different electrophoretic specters of allelic variants of gliadins by E. Metakovsky [2018] were analyzed by using PCR with allele-specific primers, which were recommended Zhang et al. [2003] for Gli-A1, Gli-B1, Gli-D1 loci.Документ Preference of molecular markers for detecting allelic variants of gliadins(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2023) Popovych, Yuliia A.; Blagodarova, O. M.; Chebotar, Sabina V.; Попович, Юлія Андріївна; Чеботар, Сабіна ВіталіївнаThe main method of studying allelic variants of gliadins is electrophoresis in acidic PAGE, which actually shows the phenotype determined by the set of genes of the gliadin-encoding locus. This method is difficult to use, because peptides encoded by all gliadin-encoding loci are present on one lane of the gel and may overlap. Therefore, there is a need for molecular markers that would allow the determination of allelic variants of gliadins using PCR. This will help to use gliadins for marker-asissted selection, to identify allelic variants of gliadins even before obtaining grain suitable for electrophoresis of storage proteins. In this regard, the aim of study was to analyze polymorphism of Gli‑1 loci using allele-specific molecular markers and microsatellites and find suitable molecular markers for detecting allelic variants of gliadins by PCR method.Документ Verification of near-isogenity for lines of bread weat by PCR-analysis(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Popovych, Yuliia A.; Bakuma, A. O.; Chebotar, Sabina V.; Попович, Юлія Андріївна; Бакума, А. О.; Чеботар, Сабіна ВіталіївнаNear isogenic lines are main materials that allow to study phenotypic effect of different genes and QTLs. By using PCR-analysis we analyzed near-isogenity of lines Stepnyak 1 ranniy and Kooperatorka rannyaya, that have been created on the base of cv. Kooreratorka and cv. Stepnyak1, the degree of recovery genetics background of recurrent parental line have been shown as 100% and 98,6%, respectively.Документ Аналіз поліморфізму γ-гліадинових генів в сортах м'якої пшениці за допомогою алель-специфічних ПЛР-маркерів(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Попович, Юлія Андріївна; Popovych, Yuliia A.Проаналізовано поліморфізм алель-специфічних SNP маркерів за допомогою ПЛР, у генах гліадинів пшениці, локусів Gli-A1, Gli-B1 та Gli-D1. Вперше виявлено чітке співвідношення алельних варіантів електрофоретичних блоків гліадинів з поліморфізмом за довжиною продуктів ПЛР SNP алелів у Gli-B1 локусі, що є найбільш поліморфним за рахунок мікросателіту. Gli-A1 та Gli-D1 маркери характеризуються низькою частотою Gli-A1.2 та Gli-D1.2 алелів, а також часто в них зустрічаються два алеля одночасно. BLAST аналіз у базі даних NCBІ показав присутність у деяких нуклеотидних послідовностей одночасно двох копій SNP алелів Gli-A1 локусу. Роботу викладено на 77 сторінках, вона містить 7 таблиць та 18 рисунків. Наведено посилання на 62 джерела літератури (8 кирилицею та 54 латиницею).Документ Перевірка ізогенності ліній пшениці за допомогою молекулярних маркерів(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Попович, Юлія Андріївна; Popovych, Yuliia A.Здійснено перевірку ізогенності ліній озимої м’якої пшениці сортів Кооператорка і Степняк 1 та їх ранньостиглих аналогів – Кооператорка рання і Степняк 1 ранній, що несуть алель гену фотоперіодичної чутливості Ppd-D1a. З використанням RAPD, IPBS та мікросателітних маркерів було з’ясовано рівень відновлення рекурентного генофону та алельний стан гену короткостебловості Rht8. Усі лінії є близько-ізогенними, і в них, спостерігався високий ступінь відновлення рекурентного генофону.Документ Поліморфізм генів гліадинів в сучасних українських сортах та лініях пшениці м’якої(2023) Попович, Юлія Андріївна; Popovych, Yuliia A.Дисертація на здобуття наукового ступеня доктора філософії за спеціальністю 091 – «Біологія» – Одеський національний університет імені І. І. Мечникова. Одеса, 2023. Пшениця м’яка (Triticum aestivum L.) – одна з основних сільськогосподарських культур в Україні та світі. Вона широко використовується у харчовій промисловості та є важливою кормовою базою для тваринництва. Хлібопекарська якість борошна – дуже важлива ознака для селекції, визначається властивостями глютену (клейковини) – комплексу, що складається з високо- (HMW) і низькомолекулярних (LMW) субодиниць глютенінів, з’єднаних дисульфідними зв’язками, які утримуються з гліадинами нековалентними взаємодіями. Саме співвідношенням і поліморфізмом гліадинів та глютенінів у глютеновому комплексі, детермінуються хлібопекарська якість та властивості борошна. Гени глютенінів, на сьогодні добре досліджені та описані, секвеновано та розроблено праймери для цілого ряду алелів, на відміну від гліадинових генів. Основним методом вивчення алельних варіантів гліадинів, на даний момент є електрофорез в кислому ПААГ, який фактично показує фенотип, що визначається набором генів гліадин-кодуючого локусу. Даний метод є складним для використання, оскільки на одній доріжці гелю присутні пептиди, що кодуються усіма гліадин-кодуючими локусами, які можуть перекриватися. Секвенування гліадин-кодуючих локусів та окремих генів гліадинів, здійснене лише для деяких сортів (Wang D. W. et al., 2017; Huo, Zhu et al., 2018; Huo, Zhang et al., 2018; Noma et al., 2015; Camerlengo et al., 2017), показало високий рівень 3 поліморфізму між сортами за кількістю генів, що кодується одним локусом, присутність великої кількості псевдогенів. Тому існує потреба у молекулярних маркерах, які б дозволили визначати алельні варіанти гліадинів за допомогою ПЛР. Це допоможе використовувати гліадини в ході маркер-асоційованої селекції, для ідентифікації алельних варіантів гліадинів ще до отримання зерна, придатного для проведення електрофорезу запасних білків, а також може допомогти об’єднати теоретичні знання, отримані в ході секвенування з конкретним фенотипом – алельними варіантами гліадинів. Таким чином це дозволить вивчати та застосовувати знання про гліадини в комплексі від окремого пептиду до алельного варіанту гліадинів та фенотипу. У зв’язку з цим дана робота присвячена дослідженням поліморфізму гліадинів, що кодуються Gli-1 локусами за допомогою молекулярних маркерів, секвенування та електрофорезу запасних білків в кислому ПААГ. За результатами дослідженння, вперше проаналізовано поліморфізм Gli-A1, Gli-B1 та Gli-D1 локусів з використанням алель-специфічних праймерів, розроблених Zhang et al. (2003), та праймерів до мікросателіту Taglgap на світовій колекції сортів пшениці м’якої, що відображає максимальну різноманітність алельних варіантів гліадинів, що кодуються Gli-B1 локусом (надана для досліджень Є. В. Метаковським) та на сучасній українській колекції сортів та ліній пшениці м’якої із різних селекційних центрів України. За результатами ПЛР з алель-специфічними праймерами до Gli-B1 локусу, виявлено поліморфізм фрагментів амппліфікації Gli-B1.1 та Gli-B1.2 алелів, спричинений мікросателітом всередині послідовності, що ампліфікується (Devos et al., 1995), на основі чого, вперше описано чотири алелі мікросателіту, що виявляються в ПЛР з праймерами до Gli-B1.1 алеля та вісім алелів, що виявляються в ПЛР з праймерами до Gli-B1.2 алеля. З них, сім алелів було секвеновано, отримані нуклеотидні послідовності підтвердили наявність поліморфного мікросателіту із мотивом САА з кількістю повторів від семи (сорт 4 Gabo) до 31 (cорт Chinese-spring). Додатково було використано пару праймерів до мікросателіту Taglgap, яка фланкує послідовність, що перекривається із послідовністю, що фланкується алель-специфічними праймерами, проте є коротшою, а тому дозволяє отримати більш точні розміри фрагментів ампліфікації. Праймери до мікросателіту Taglgap, дозволили виявити 12 алелів у світовій та українській колекціях сортів пшениці м’якої. Отримані результати стали основою для виділення трьох груп та 13 підгруп за поліморфізмом Gli-B1 локусу та демонструють відповідність між наступними генетичними характеристиками «SNP алель Gli-B1 локусу – алель мікросателіту Taglgap – алельний варіант гліадинів». До групи І відносяться чотири підгрупи з Gli-B1.1 алелем, до групи ІІ – вісім підгруп із Gli-B1.2 алелем, а до групи ІІІ – підгрупа 10, із null алелями. Для аналізу генетичного поліморфізму Gli-А1 локусу було застосовано дві пари алель-специфічних праймерів, розроблених Zhang et al. (2003). На відміну від аналогічних праймерів до Gli-В1 локусу, фрагменти ампліфікації Gli-А1.1 та Gli-А1.2 алелів були однакової довжини, що вказана розробниками – 168 п.н. На основі отриманих результатів по Gli-А1 локусу, установлена відповідність між алелями Gli-А1.1/Gli-А1.2 та алельними варіантами гліадинів, що кодуються Gli-А1 локусом. В результаті біоінформаційного аналізу, виявлено мікросателіт, що є частиною кодуючої послідовності гена Gamma gliadin-А1, до якого було розроблено пару праймерів MsA1. Застосування цієї пари праймерів для аналізу української та світової колекції сортів пшениці дозволило виявити вісім різних алелів, які відповідають алельним варіантам гліадинів, що кодуються Gli-A1 локусом. За результатами ПЛР з алель-специфічними праймерами до Gli-D1 локусу у порівнянні із результатами по Gli-A1 та Gli-B1 локусах, виявлена значна кількість гетерогенних сортів. Відповідність між алелями, які визначаються в ПЛР з алель-специфічними праймерами до Gli-D1 локусу не установлена. 5 Біоінформаційний аналіз нуклеотидних послідовностей γ-гліадинових генів та in silico ПЛР показали наявність двох копій послідовності, що ампліфікується із застосуванням алель-специфічних праймерів до Gli-А1 локусу, а також переважання Gli-A1.1 та Gli-D1.1 алелів. Для Gli-B1 локусу знайдено десять алелів мікросателіту Taglgap. В ході біоінформаційного аналізу показано, що нуклеотидні послідовності, що відповідають фрагментам ампліфікації із алель-специфічними праймерами та праймерами до мікросателіту Taglgap, присутні також у ряді інших видів злаків. Це дозволяє використовували дані праймери для молекулярно-генетичного аналізу інших злаків. Отримані результати демонструють можливість використання молекулярних маркерів для ідентифікації алельних варіантів гліадинів, що кодуються Gli-А1, Gli-B1 локусами використовуючи ПЛР.Документ Поліморфізм мікросателітного локусу Taglgap та його зв’язок з алельними варіантами гліадинів пшениці м’якої(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2021) Попович, Юлія Андріївна; Благодарова, O. M.; Чеботар, Сабіна Віталіївна; Popovych, Yuliia A.; Blagadarova, O. M.; Chebotar, Sabina V.Досліджено поліморфізм мікросателітного локусу Taglgap в українських та зарубіжних сортах та лініях пшениці м’якої (Triticum aestivum L.). Знайдено 11 алелів мікросателіту Taglgap, з яких сім алелів у сортів, створених в Україні та десять алелів у сортів, створених в зарубіжних селекційних установах. Показано як асоціюються алелі мікросателітного локусу Taglgap з алельни- ми варіантами гліадинів за локусом Gli-B1. Проведено аналіз нуклеотидних послідовностей у базі даних NCBI, та показано присутність й можливі алелі Taglgap у низки видів родів Triticum L. та Aegolops L.