Перегляд за Автор "Ostapchuk, Andriy M."

Зараз показуємо 1 - 10 з 10
  • Ескіз
    Документ
    Antagonistic activity of endosporeforming bacteria of deep water the Black Sea sediments
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.; Штеников, Николай Дмитриевич; Остапчук, Андрей Николаевич; Иваница, Владимир Алексеевич; Іваниця, Володимир Олексійович
    Aim. The purpose of the work was to study the antagonistic activity of strains of the facultatively anaerobic endosporeforming bacteria, isolated from deep-sea sediments of the Black Sea. Materials and methods. In this work, 250 strains of facultative anaerobic endosporeforming bacteria, isolated from the samples of deep-sea sediments of the Black Sea, were used. Antagonistic activity was determined by the method of radial streaks. As indicators for screening there were used next strains of opportunistic human pathogens – Proteus vulgaris ATCC 6896, Pseudomonas aeruginosa B-329, Staphylococcus aureus ATCC 6538P, Bacillus cereus ATCC 14579, Candida albicans ATCC 10231, Escherichia coli ATCC 25922, Salmonella enterica NCTC 6017, Klebsiella pneumoniae ATCC 10031, Bacillus subtilis ATCC 10774. Results. It is revealed that 32% of all isolated Black Sea strains of facultative anaerobic spore-forming bacteria have been shown to exhibit antagonistic activity of varying degrees of severity in relation to opportunistic microorganisms. There is a certain relationship between species strain, horizon of its origin and its antagonistic activity. Conclusions. The obtained results testify to the promising nature of the strains of endosporeforming bacteria in the Black Sea sediments for the screening of the producers of antimicrobial compounds with activity directed against opportunistic human pathogens.
  • Ескіз
    Документ
    Cellular fatty acid composition of Aeromonas genus – destructor of aromatic xenobiotics
    (2019) Gudzenko, Tetiana V.; Horshkova, Olena H.; Korotaieva, Nadiia V.; Voliuvach, Olha V.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.; Гудзенко, Тетяна Василівна; Горшкова, Олена Георгіївна; Коротаєва, Надія Володимирівна; Волювач, Ольга В'ячеславівна; Іваниця, Володимир Олексійович
    The aim of this study was a determination of the fatty acid composition of cellular lipids and identification of the strains, isolated from the wastewater of pharmaceutical production, – the destructor of aromatic xenobiotics. The phenotypic characteristics and cellular fatty acid (FA) composition confirmed the strain belonging to the Aeromonas ichthiosmia with the similarity index of library data MIDI Sherlock - 0.564. Analysis of the cellular FA composition of the strain Aeromonas ichthiosmia ONU 552 was carried out using the MIDI Sherlock microorganism identification system based on the gas chromatograph Agilent 7890. Chromatographic analysis showed that the fatty acid profile of the strain Aeromonas ichthiosmia ONU 552 contains 26 fatty acids with the total number of carbon atoms from 10 to 18. 85.27% of saturated and unsaturated fatty acids had unbranched structure. The total content of unsaturated fatty acids – 16:1 w7c/16:1 w6c, 18:1 w7c, 16:1 w7c alcohol, 17:1 w8c, 17:1 w6c, 16:1 w5c, was 50% of the total fatty acid pool. Less than 1.5% branched fatty acids were predominantly in the iso form: 13:0 iso (0.20%); 15:0 iso (0.97%); 17:1 iso w9c (1.35%), 17:0 iso (1.49%); in the anteiso form, only one acid 17:0 (0.27%) was identified. It was shown that the characteristic of the fatty acid composition of the strain Aeromonas ichthiosmia ONU 552 – the destructor of aromatic xenobiotics, was the presence of hydroxyacids 12:0 3OH, 15:0 3OH, 15:0 iso 3OH and dominance of hexadecanoic (16:0) and hexadecenoic (16:1 w7c/16:1 w6c) of fatty acids.
  • Ескіз
    Документ
    Deepened genomics-metabolomics characteristics of the bacteria of the Bacillus genus isolated from deep-sea
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2023) Subota, V. V.; Ostapchuk, Andriy M.; Shtenikov, Mykola D.; Субота, В. В.; Остапчук, Андрій Миколайович; Штеніков, Микола Дмитрович
    Marine bacteria from the genus Bacillus are attracting increasing attention as a source of large amounts of bioactive metabolites. The biosynthetic potential of marine bacteria from the genus Bacillus is not sufficiently studied. The previous study of authors could not give a complete result, so it was decided to reanalyze the metabolites not identified at that time, taking into account the development of existing databases. Therefore, the work aimed to reanalyze the metabolome already performed on Bacillus velezensis ONU 553, Bacillus pumilus ONU 554, and Bacillus subtilis ONU 559 strains isolated from the Black Sea sediments. Methods. The general genome identification was performed using the online version of the Dictionary of Natural Products database, and search for biosynthetic clusters in genome of Bacillus velezensis ONU 553 - with antiSMASH 7.0. Results and Conclusion. Genomic-metabolic profiling of strains led to the identification of several new biological compounds – 7 and 1 metabolites in Bacillus velezensis ONU 553 and Bacillus pumilus ONU 554 strains, respectively, and to identify biosynthetic clusters of iturin- and helipeptin-like peptides in Bacillus velezensis ONU 553 strain for the first time. A new biosynthetic cluster was found in the Bacillus velezensis ONU 553 strain.
  • Ескіз
    Документ
    Fatty acids composition of Bacillus subtilis ONU551 lipids
    (2019) Gudzenko, Tetiana V.; Voliuvach, Olha V.; Horshkova, Olena H.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.; Гудзенко, Тетяна Василівна; Волювач, Ольга В'ячеславівна; Горшкова, Олена Георгіївна; Іваниця, Володимир Олексійович
    The aim of the study was to determine the cellular lipids fatty acid composition for identification of the Bacillus subtilis ONU 551 strain bacteria, which is a phenol destructor. Fatty acids analysis of B. subtilis ONU 551 strain was performed using an automatic system for microorganisms’ identification MIDI Sherlock (MIDI , USA ) based on gas chromatograph Agilent 7890. Chromatograms analysis showed that the fatty acid spectrum of the strain B. subtilis ONU 551 consisted predominately of branched structural isomers of saturated acids: 13-methyltetradecanoic (15:0 iso; 34.72%) and 12-methyltetradecanoic (15:0 anteiso; 33.72%) acids. The total content of the branched saturated fatty acids was 88.16% – 14:0 iso (0.52%), 15:0 iso (34.72%), 15:0 anteiso (33.72%), 16:0 iso (1.85%), 17:0 iso (7.11%), 17:0 anteiso (10.24%). The saturated fatty acids of the normal structure were also detected – 12:0 (0.36%), 14:0 (0.28%), 16:0 (1.30%). No 2- and 3-hydroxy acids and no cyclic fatty acids were detected in the fatty acid profile of B. subtilis ONU 551 strain. Unsaturated fatty acid isomers – 15:1 w5c (1.85%), 16:1 w11c (1.21%), 16:1 w7c alcohol (1.08%), 17:1 iso w10c (3.18%), Σ17:1 iso I/anteiso B (2.57%) were shown to be the distinctive biomarkers of the B. subtilis ONU 551 strain. According to the fatty acid profile analysis with MIDI Sherlock system, the studied strain was identified as Bacillus subtilis with high level of similarity index (0.563).
  • Ескіз
    Документ
    Phenol-oxidizing activity and fatty acid profile of Brevibacillus centrosporus F14 strain
    (2020) Gudzenko, Tetiana V.; Voliuvach, Olha V.; Horshkova, Olena H.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.; Гудзенко, Тетяна Василівна; Волювач, Ольга В'ячеславівна; Горшкова, Олена Георгіївна; Іваниця, Володимир Олексійович
    Biotechnological treatment of enterprises wastewater, which contains toxic phenolic compounds, is the most acceptable method today. Therefore, the search for new non-pathogenic biochemically active microorganisms - destructors of phenol and their identification is relevant. The aim of this study was to determine phenol-oxidizing activity and the fatty acid profile of Brevibacillus centrosporus F14 – destructor of phenol, isolated from pharmaceutical plant wastewater. Fatty acids analysis of the microorganism culture was carried out using automatic system of microorganisms identification MIDI Sherlock based on gas chromatograph Agilent 7890. The phenol-oxidizing activity of bacteria was determined by photometric method according to the degree of phenol extraction from the water. It was experimentally confirmed that Brevibacillus sp. F14 strain had a phenol-destructive activity. When phenol-containing water was treated with Brevibacillus sp. F14 cells, phenol concentration in the water decreased from 200.0 ± 12.0 mg/l to 6.8 ± 0.8 mg/l during 15 days of exposure. Chromatographic analysis showed that saturated fatty acids i-14:0 (14.9%), i-15:0 (14.8%), a-15:0 (34.9%), i-16:0 (11.10%) dominated in the strain’s fatty acids profile. The total content of the branched saturated fatty acids i-14:0, i-15:0, a-15: 0, i-16: 0, i-17: 0, a-17:0, Σ(a-17:1/i-17:1) was 85.0% and that of saturated and unsaturated fatty acids with the normal structure – 7% of the total fatty acids pool. The distinction of Brevibacillus centrosporus F14 strain’s fatty acid profile from other bacteria of Brevibacillus genus was the presence of more i-14:0 (14.85%), i-16:0 (11.10%) fatty acids and 16: 1 w7c alcohol (7.71%), as well as the minor content of fatty acids markers 16:0 N alcohol (0.60%), 18:3 w6c (0.4%) and Σ(a-17:1/i-17:1) (1.94%). According to the phenotypic characteristics and fatty acid composition, the tested phenol-oxidizing strain belongs to Brevibacillus centrosporus species. The index of Brevibacillus centrosporus F14 strain’s fatty acid profile similarity with the library was 0.645.
  • Ескіз
    Документ
    Stratification of Endosporeforming Bacteria in bottom sediments of Black Sea
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.
    Aerobic Endospore-forming Bacteria (AEB) represent an interesting group of mesophilic bacteria for geological and environmental studies. The optimal temperature for their growth are in the range of 25-30 ° C. The main places of their habitation are soil, active sludge and bottom sediments of fresh water basins. In the marine environment they come from land with annual and rainy runoff and through the air.
  • Ескіз
    Документ
    Склад жирних кислот ліпідів штаму BACILLUS SP. ОЗ-5, виділеного із забрудненого нафтою грунту о. Зміїний.
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2015) Іваниця, Володимир Олексійович; Горшкова, Олена Георгіївна; Коротаєва, Надія Володимирівна; Волювач, Ольга В'ячеславівна; Гудзенко, Тетяна Василівна; Остапчук, Андрій Миколайович; Иваница, Владимир Алексеевич; Горшкова, Елена Георгиевна; Коротаева, Надежда Владимировна; Волювач, Ольга Вячеславовна; Гудзенко, Татьяна Васильевна; Остапчук, Андрей Николаевич; Ivanytsia, Volodymyr O.; Horshkova, Olena H.; Korotaieva, Nadiia V.; Voliuvach, Olha V.; Gudzenko, Tetyana V.; Ostapchuk, Andriy M.
    Мета. Визначення складу жирних кислот клітинних ліпідів та ідентифікація штаму бактерій, виділеного із ділянки забрудненого нафтою ґрунту о. Зміїний. Методи. Аналіз складу жирних кислот штаму Bacillus sр. ОЗ-5 здійснювали з використанням автоматичної системи ідентифікації мікроорганізмів MIDI Sherlock (MIDI inc., USA) на базі газового хроматографа Agilent 7890 (Agilent Technologies, USA). Результати. Охарактеризований за фенотиповими ознаками штам Bacillus sp. ОЗ-5, за складом жирних кислот ідентифіковано як Bacillus megaterium ОЗ-5 – GC subgroup A. Аналіз одержаної хроматограми показав, що переважальними в жирнокислотному спектрі штаму Bacillus megaterium ОЗ-5 є розгалужені структурні ізомери довголанцюгових насичених жирних кислот з переважним вмістом 12-метилтетрадеканової (С15:0 антеізо, 39,6%) і 13-метилтетрадеканової (С15:0 ізо, 32,93%) кислот, серед інших розгалуже- них ізомерів виявлено С17:0 антеізо (2,69%), С17:0 ізо (1,88%), С14:0 ізо (6,62%), С16:0 iso (1,76%), С13:0 антеізо (0,25%) та С13:0 ізо (0,5%). Висновок. Аналіз жирнокислотного профілю досліджуваного штаму з використанням системи MIDI Sherlock дозволив віднести його до виду Bacillus megaterium-GC subgroup A з високим індексом подібності 0,731. Виявлені особливості спектру жирних кислот досліджуваного мікроорганізму систематизовані і відрізняють його від інших бактерій роду Bacillus.
  • Ескіз
    Документ
    Склад жирних кислот, амінокислот та моносахаридів бактерій роду Bacillus, виділених з донних відкладень Чорного моря
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2020) Штеніков, Микола Дмитрович; Остапчук, Андрій Миколайович; Іваниця, Володимир Олексійович; Штеников, Николай Дмитриевич; Остапчук, Андрей Николаевич; Иваница, Владимир Алексеевич; Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.
    Метою роботи було визначити кількісний та якісний склад жирних кислот, амінокислот та моносахаридів антагоністично активних споротвірних бактерій роду Bacillus, ізольованих з глибоководних донних відкладень Чорного моря. Матеріали та методи. Об'єктом дослідження були антагоністично активні бактерії Bacillus velezensis ONU 553, Bacillus pumilus ONU 554, Bacillus subtilis ONU 559, Bacillus megaterium 11, Bacillus pumilus 95. Склад жирних кислот визначали на газовому хроматографі з полум’яно-йонізаційним детектором Agilent 7890 (Agilent Technologies, США), моноцукридів – методом газо-рідинної хромато-мас-спектрометрії на Agilent 6890N/5973 inert (Agilent Technologies, USA), амінокислот – на рідинному хроматографі Agilent 1200 (Agilent Technologies, USA). Результати. Виявлено характерні для досліджених штамів жирні кислоти: для штаму B. velezensis ONU 553 – 17:0, 14:0 anteiso, 11:0 2OH, для B. subtilis ONU 559 – 19:0 iso, 19:0 anteiso, для B. megaterium 11 – 15:0 2OH, B. pumilus 95 – 15:1 isow5c та 12:0. Амінокислотні патерни досліджених штамів не демонструють значущу кореляцію з патерном біоти океану, а штамів B. velezensis ONU 553, B. pumilus ONU 554 та B. pumilus 95 характерні для біоти пісчаних ґрунтів. Крім характерних для бактерій групи B. subtilis моносахаридів виявлена арабіноза, багатоамтоні спирти – L-ідітол та міоінозитол, функції яких у клітинах бацил не відомі. Висновки. Показники НАІ та а15/ і15 штамів B. velezensis ONU 553, B. pumilus ONU 554 та B. subtilis ONU 559 характерні для мезофільних бактерій, а B. megaterium 11 та B. pumilus 95 – для помірних термофілів. Результати досліджень підтримують гіпотезу про неавтохтонність досліджуваних бактерій для глибоководних донних відкладень Чорного моря.
  • Ескіз
    Документ
    Сіквенс геному Bacillus pumilus ONU 554, ізольованого з глибоководних донних відкладень Чорного моря
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2020) Іваниця, Володимир Олексійович; Иваница, Владимир Алексеевич; Ivanytsia, Volodymyr O.; Штеніков, Микола Дмитрович; Штеников, Николай Дмитриевич; Shtenikov, Mykola D.; Остапчук, Андрій Миколайович; Остапчук, Андрей Николаевич; Ostapchuk, Andriy M.; Васильєва, Наталія Юріївна; Васильева, Наталия Юрьевна; Vasylieva, Nataliia Yu.; Калиновський, Й.; Калиновский, Й.; Kalinowski, J.
    Метою роботи було проаналізувати структуру генома бактерій штаму Bacillus sp. ONU 554, ізольованого з донних осадів Чорного моря, для його ідентифікації та виявлення генів, що відповідають за синтез біологічно активних сполук. Матеріали та методи. Об'єктом дослідження були структура та характеристика геному антагоністично активних бактерій штаму Bacillus pumilus ONU 554. Геномну ДНК було секвеновано з використанням секвенатора НiSeq 1500 (Illumina). Збирання геному виконано з використанням асемблеру Newbler версії 2.8, визначення видової приналежності штаму - за допомогою сервера TYGS, підрахунок ANI - з використанням Ezbiocloud. Анотування геному здійснили за допомогою серверів PATRIC та NCBI PGAP, пошук кластерів біосинтезу антибіотиків та бактеріоцинів - за допомогою antiSMASH та Bagel4, відповідно. Пошук детермінант патогенності виконувався за допомогою IslandViewer, резистентності до антибіотиків - ResFinder-3.2, пошук профагових елементів з використанням PHASTER. Результати. За даними повногеномного порівняння та 16S рРНК Bacillus sp. ONU 554 було ідентифіковано як Bacillus pumilus ONU 554. Його геном має розмір 3 642 544 п.о., який менший за геном типового штаму на 90 кб за рахунок ряду делецій. Виявлено плазміду, чотири профагових елементи, один з яких на плазміді та 14 біосинтетичних кластерів, з яких три належать бактеріоцинам. Висновки. Таким чином, можна стверджувати, що дані повногеновного секвенування є більш надійним інструментом видової ідентифікації ніж аналіз тотального жирно кислотного профілю, а штам, геном якого проаналізовано, може стати об’єктом для подальшої молекулярно-біотехнологічної роботи з вивчення та гетерологічної експресії виявлених кластерів.
  • Ескіз
    Документ
    Факультативно-анаеробні спороутворювальні бактерії глибоководних відкладень Чорного моря
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Іваниця, Володимир Олексійович; Штеніков, Микола Дмитрович; Остапчук, Андрій Миколайович; Ivanytsia, Volodymyr O.; Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.
    Мета. Виявити в глибоководних осадах сірководневої батіалі Чорного моря факультативно-анаеробні спороутворювальні бактерії (ФАСБ), здатні рости за аеробних умов, та визначити їх таксономічну різноманітність. Методи. Для роботи були використані проби донних відкладень з різних горизонтів (0–50 см) з глибини 888–2080 м Чорного моря, відібрані в ході експедиції М84/2 Бременського університету на судні Meteor. Ідентифікацію виділених штамів проводили шляхом визначення спектру жирних кислот на газовому хроматографі «BioRad» з використанням автоматичної системи ідентифікації мікроорганізмів MIDI Sherlock на базі газового хроматографа з полум’яно-іонізаційним детектором Agilent 7890 (Agilent Technologies, США). Результати. У ході досліджень у глибоководних осадах сірководневої батіалі Чорного моря на горизонтах до 50 см виявлено факультативно-анаеробні бактерії, здатні рости за аеробних умов. Було отримано 202 ізоляти грампозитивних бактерій, які утворюють ендоспори. За спектром жирних кислот з використанням автоматичної системи ідентифікації мікроорганізмів MIDISherlock встановлено, що отримані ізоляти належать до 18 видів 4-х родів ФАСБ: Bacillus, Paenibacillus, Lysinibacillus, Brevibacillus. Не ідентифіковані ізоляти (25) потребують додаткових досліджень і можуть відноситися до нових ще не відомих для науки таксонів бактерій. Висновки. Вперше в донних відкладеннях на горизонтах до 50 см анаеробної сірководневої та метанової батіалі Чорного моря на глибинах 888–2080 м виявлено факультативно-анаеробні спороутворювальні бактерії, визначено їх таксономічну різноманітність, та зроблено припущення про їх алохтонне походження.