Перегляд за Автор "Kristoffersen, J. B."

Зараз показуємо 1 - 2 з 2
  • Ескіз
    Документ
    METAGENOME 16S RRNA GENE ANALYSIS OF THE BLACK SEA MICROBIAL DIVERSITY IN THE REGION OF THE ZMIINIY ISLAND
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2015) Bobrova, O. E.; Kristoffersen, J. B.; Ivanytsia, Volodymyr O.; Боброва, О. Є.; Крістофферсен, Й. Б.; Іваниця, Володимир Олексійович; Боброва, А. Е.; Кристофферсен, Й. Б.; Иваница, Владимир Алексеевич
    The aim of the study was to determine the marine microbial biodiversity of the Zmiiniy island coastal seawater with the help of metagenomic analysis. Methods. The dualindexing primers were used to amplify v4 region of the 16S rRNA gene. Sequencing was performed on Illumina MiSeq platform. Nucleotide sequences were analyzed by SILVAngs and QIIME pipelines. Results. As the result of metagenomics 16S rRNA gene analysis there were detected about 3200 Operational Taxonomic Units. The main revealed phyla among domain Bacteria were: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes and candidate divisions of uncultivated prokaryotic representatives: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11and TM6. As a result of taxonomy analysis lots of bacterial families and genera were identified. The most abundant genera among studied samples were: Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Conclusion. The metagenomic 16S rRNA gene analysis allowed evaluating of rich taxonomic prokaryotes diversity in the Zmiiniy island area of the Black Sea surface water. Lots of them were either poorly investigated or uncultivable.
  • Ескіз
    Документ
    Мікробна різноманітність прибережних вод Одеської затоки Чорного моря
    (Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Васильєва, Наталія Юріївна; Крилова, Катерина Дмитрівна; Крістофферсен, Й. Б.; Дубровіна, Олена Андріївна; Іваниця, Володимир Олексійович; Vasylieva, Nataliia Yu.; Krylova, Kateryna D.; Kristoffersen, J. B.; Dubrovina, Olena A.; Ivanytsia, Volodymyr O.
    Метою дослідження було визначення біорізноманітності прокаріотної мікробіоти прибережної води Одеської затоки Чорного моря шляхом метагеномного аналізу. Методи. Проби морської води відбирали в районі гідробіологічної станції ОНУ імені І. І. Мечникова (46°26'28.2''N 30°46'20.0''E) з горизонту 100 см, фільтрували через 0,22 μm мембранні фільтри (Sartorius). Сумарну ДНК виділяли з зібраних мікроорганізмів за допомогою PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50-NF) згідно з інструкцією виробника (MO BioLaboratories). Для визначення мікробної різноманітності методами метагеномного аналізу використовували таргетне секвенування ділянки v4 гена 16S рРНК на платформі Illumina MiSeq. Отримані послідовності у форматі fastq аналізували в оболонці miniconda3 з послідовним використанням програм Fastqcv.0.11.2., Trimmomatic, Cutadapter, SPAdes, Centrifuge і Krona. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в прибережних водах Одеської затоки було отримано 261197 анотованих послідовностей. Виявлено представників основних відділів домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Deferribacteres, Planctomycetes, Tenericutes, Aquificae, Deinococci, Thermotogae, Ignavibacteriales, Fibrobacteri. Найбільш поширеними відділами домену Bacteria є Proteobacteria (68,0%) і Bacteroidetes (19,0%). Серед відділу Proteobacteria переважають класи Gammaрroteobacteria (63,0%) і Alphaproteobacteria (31,0%). Показано присутність незначної кількості представників домену Archaea (менше 0,5%) класів Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota. Висновки. Порівняльний аналіз результатів, наведених і отриманих у попередніх дослідженнях біологічної різноманітності морської мікробіоти води Причорноморських лиманів і прибережних вод острова Зміїний дозволили визначити основні відмінності у їх складі. Показано, що здебільшого мікробіота морської води Одеської затоки як і Хаджибейського лиману та прибережної води острова Зміїний різноманітна і представлена в основному членами відділів Proteobacteria і Bacteroidetes, в той час як у Сухому і Дністровському лиманах переважають представники відділу Cyanobacteria.