Molecular insights into propoxazepam interaction with TRPV1 receptors: a docking analysis
dc.contributor.author | Larionov, V. B. | en |
dc.contributor.author | Golovenko, M. Ya. | en |
dc.contributor.author | Akisheva, Alina S. | en |
dc.contributor.author | Valivodz, I. P. | en |
dc.contributor.author | Borysiuk, I. Yu. | en |
dc.contributor.author | Molodan, Yuliia O. | en |
dc.contributor.author | Makarenko, Olga A. | en |
dc.contributor.author | Ларіонов, В. Б. | uk |
dc.contributor.author | Головенко, М. Я. | uk |
dc.contributor.author | Акішева, Аліна Сергіївна | uk |
dc.contributor.author | Валіводзь, І. П. | uk |
dc.contributor.author | Борисюк, І. Ю. | uk |
dc.contributor.author | Молодан, Юлія Олегівна | uk |
dc.contributor.author | Макаренко, Ольга Анатоліївна | uk |
dc.date.accessioned | 2024-02-27T11:23:18Z | |
dc.date.available | 2024-02-27T11:23:18Z | |
dc.date.issued | 2023 | |
dc.description.abstract | In this study, we used molecular docking modelling to investigate the interaction between propoxazepam (new analgesic), and the transient receptor potential vanilloid type 1 receptors. Propoxazepam has the necessary pharmacophoric features of the pharmacophore model of TRPV1 ligands. Propoxazepam creates hydrogen bond between TYR511 of the TRPV1 receptor as well as referent ligand SB-366791. | en |
dc.description.abstract | Проблема. Знеболююча терапія залишалася концептуально незмінною після опіоїдної кризи, яка підкреслила небезпеку лікування болю опіоїдами. Рецептори TRPV1 та їх ліганди стали багатообіцяючими мішенями для лікування різних больових станів, включаючи запальний і нейропатичний біль. Подальші дослідження механізмів активації та десенсибілізації рецепторів TRPV1, а також дослідження нових лігандів з підвищеною вибірковістю та ефективністю мають потенціал для полегшення тягаря хронічного болю. Мета. Вивчення взаємодії лігандів з рецептором TRPV1 шляхом молекулярного докінгу та аналіз компонентів цих взаємодій. Методика. З метою вивчення енергії зв’язку рецептора TRPV1 з досліджуваними сполуками 8GFA – була використана структура Cryo-EM людини TRPV1 у комплексі з анальгетиком SB-366791. Докінг і QSAR-прогноз проводили з пропоксазепамом, його можливим метаболітом 3-гідроксопропоксазепамом, діазепамом, оксазепамом, SB-366791, RTX, капсазепіном, капсаїцином. Докінг аналіз та створення QSAR моделі проводили за допомогою Maestro Schrödinger Suite. Основні результати. Пропоксазепам має необхідні фармакофорні властивості для зв’язування з рецептором TRPV1: область А-бензольне кільце; область B – амідна група (NH-C=O); область С – алкоксигрупа. Докінг-оцінка пропоксазепаму (-7,30 ккал/моль) вказує на сильнішу взаємодію з рецептором TRPV1 порівняно з оксазепамом (-6,82 ккал/моль), 3-гідроксопропоксазепамом (-6,49 ккал/моль) і капсазепіном (-6,39 ккал/моль). Розглядаючи збільшення вільної енергії взаємодії, ліганди можна ранжувати наступним чином: SB-366791 > Капсаїцин > RTX > Капсазепін > Пропоксазепам > Діазепам > 3-гідроксопропоксазепам > Оксазепам. Пропоксазепам створює два водневі зв’язки: один за участю NH-групи аміду (що призводить до взаємодії водневого зв’язку з лінкерною шийкою) і THR550 білка, а інший – між киснем алкоксигрупи (гідрофобний хвіст) і TYR511 рецептору TRPV1. Ліганди з підтвердженою дією на рецептор TRPV1 також вступають у взаємодію з білком, утворюючи водневі зв’язки з тими ж амінокислотами, що й бензодіазепіни, а саме THR550 і TYR511. Передбачається, що пропоксазепам має відносно низьку ефективність або спорідненість з TRPV1 (прогнозований показник pIC50 становить -1,115), але це значення вище, ніж у інших лігандів. Висновки. Оскільки пропоксазепам має необхідні фармакофорні властивості фармакофорної моделі лігандів TRPV1, він теоретично може зв’язуватися з цим рецептором. Пропоксазепам створює водневий зв’язок із TYR511 рецептора TRPV1 як референтний ліганд SB-366791. Пропоксазепам демонструє один з найбільших внесків водневих зв’язків в енергію взаємодії з рецептором. Відповідно до моделювання QSAR, усі досліджувані сполуки (3-гідроксопропоксазепам, діазепам, оксазепам, пропоксазепам) мають низькі значення pIC50, що може вказувати на відносно низьку ефективність або спорідненість з TRPV1. Але пропоксазепам має найвищий прогнозований pIC50, це означає, що модель передбачає, що він є найпотужнішим серед сполук. | uk |
dc.identifier.citation | Molecular insights into propoxazepam interaction with TRPV1 receptors: a docking analysis / V. B. Larionov, M. Ya. Golovenko, A. S. Akisheva, I. P. Valivodz, I. Yu. Borysiuk, Yu. O. Molodan, O. A. Makarenko // Вісник Одеського національного університету. Біологія. – 2023. – Т. 28, вип. 2(53). – С. 99–112. | en |
dc.identifier.doi | https://doi.org/10.18524/2077-1746.2023.2(53).293324 | |
dc.identifier.e-issn | 2415-3125 | |
dc.identifier.issn | 2077-1746 | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0003-2678-4264 | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0003-1485-128X | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0002-0897-1253 | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0001-7465-7089 | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0003-2824-9118 | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0002-2594-8274 | |
dc.identifier.orcid | https://orcid.org/0000-0001-8029-4392 | |
dc.identifier.uri | https://dspace.onu.edu.ua/handle/123456789/37711 | |
dc.language.iso | en | |
dc.publisher | Одеський національний університет імені І. І. Мечникова | uk |
dc.subject | docking | en |
dc.subject | propoxazepam | en |
dc.subject | TRPV1 receptor | en |
dc.subject | pain | en |
dc.subject | binding | en |
dc.subject | 1,4-benzodiazepines | en |
dc.subject | докінг | uk |
dc.subject | пропоксазепам | uk |
dc.subject | рецептор TRPV1 | uk |
dc.subject | біль | uk |
dc.subject | зв’язування | uk |
dc.subject | 1,4-бензодіазепіни | uk |
dc.subject.udc | 547.892/577.322.21;615(213/212.3) | |
dc.title | Molecular insights into propoxazepam interaction with TRPV1 receptors: a docking analysis | en |
dc.title.alternative | Молекулярне уявлення про взаємодію пропоксазепаму з рецепторами TRPV1: докінг-аналіз | uk |
dc.type | Article | en |
Файли
Контейнер файлів
1 - 1 з 1
Вантажиться...
- Назва:
- 99-112.pdf
- Розмір:
- 985.85 KB
- Формат:
- Adobe Portable Document Format
- Опис:
Ліцензійна угода
1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
- Назва:
- license.txt
- Розмір:
- 1.71 KB
- Формат:
- Item-specific license agreed upon to submission
- Опис: