Molecular insights into propoxazepam interaction with TRPV1 receptors: a docking analysis

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.authorLarionov, V. B.en
dc.contributor.authorGolovenko, M. Ya.en
dc.contributor.authorAkisheva, Alina S.en
dc.contributor.authorValivodz, I. P.en
dc.contributor.authorBorysiuk, I. Yu.en
dc.contributor.authorMolodan, Yuliia O.en
dc.contributor.authorMakarenko, Olga A.en
dc.contributor.authorЛаріонов, В. Б.uk
dc.contributor.authorГоловенко, М. Я.uk
dc.contributor.authorАкішева, Аліна Сергіївнаuk
dc.contributor.authorВаліводзь, І. П.uk
dc.contributor.authorБорисюк, І. Ю.uk
dc.contributor.authorМолодан, Юлія Олегівнаuk
dc.contributor.authorМакаренко, Ольга Анатоліївнаuk
dc.date.accessioned2024-02-27T11:23:18Z
dc.date.available2024-02-27T11:23:18Z
dc.date.issued2023
dc.description.abstractIn this study, we used molecular docking modelling to investigate the interaction between propoxazepam (new analgesic), and the transient receptor potential vanilloid type 1 receptors. Propoxazepam has the necessary pharmacophoric features of the pharmacophore model of TRPV1 ligands. Propoxazepam creates hydrogen bond between TYR511 of the TRPV1 receptor as well as referent ligand SB-366791. en
dc.description.abstractПроблема. Знеболююча терапія залишалася концептуально незмінною після опіоїдної кризи, яка підкреслила небезпеку лікування болю опіоїдами. Рецептори TRPV1 та їх ліганди стали багатообіцяючими мішенями для лікування різних больових станів, включаючи запальний і нейропатичний біль. Подальші дослідження механізмів активації та десенсибілізації рецепторів TRPV1, а також дослідження нових лігандів з підвищеною вибірковістю та ефективністю мають потенціал для полегшення тягаря хронічного болю. Мета. Вивчення взаємодії лігандів з рецептором TRPV1 шляхом молекулярного докінгу та аналіз компонентів цих взаємодій. Методика. З метою вивчення енергії зв’язку рецептора TRPV1 з досліджуваними сполуками 8GFA – була використана структура Cryo-EM людини TRPV1 у комплексі з анальгетиком SB-366791. Докінг і QSAR-прогноз проводили з пропоксазепамом, його можливим метаболітом 3-гідроксопропоксазепамом, діазепамом, оксазепамом, SB-366791, RTX, капсазепіном, капсаїцином. Докінг аналіз та створення QSAR моделі проводили за допомогою Maestro Schrödinger Suite. Основні результати. Пропоксазепам має необхідні фармакофорні властивості для зв’язування з рецептором TRPV1: область А-бензольне кільце; область B – амідна група (NH-C=O); область С – алкоксигрупа. Докінг-оцінка пропоксазепаму (-7,30 ккал/моль) вказує на сильнішу взаємодію з рецептором TRPV1 порівняно з оксазепамом (-6,82 ккал/моль), 3-гідроксопропоксазепамом (-6,49 ккал/моль) і капсазепіном (-6,39 ккал/моль). Розглядаючи збільшення вільної енергії взаємодії, ліганди можна ранжувати наступним чином: SB-366791 > Капсаїцин > RTX > Капсазепін > Пропоксазепам > Діазепам > 3-гідроксопропоксазепам > Оксазепам. Пропоксазепам створює два водневі зв’язки: один за участю NH-групи аміду (що призводить до взаємодії водневого зв’язку з лінкерною шийкою) і THR550 білка, а інший – між киснем алкоксигрупи (гідрофобний хвіст) і TYR511 рецептору TRPV1. Ліганди з підтвердженою дією на рецептор TRPV1 також вступають у взаємодію з білком, утворюючи водневі зв’язки з тими ж амінокислотами, що й бензодіазепіни, а саме THR550 і TYR511. Передбачається, що пропоксазепам має відносно низьку ефективність або спорідненість з TRPV1 (прогнозований показник pIC50 становить -1,115), але це значення вище, ніж у інших лігандів. Висновки. Оскільки пропоксазепам має необхідні фармакофорні властивості фармакофорної моделі лігандів TRPV1, він теоретично може зв’язуватися з цим рецептором. Пропоксазепам створює водневий зв’язок із TYR511 рецептора TRPV1 як референтний ліганд SB-366791. Пропоксазепам демонструє один з найбільших внесків водневих зв’язків в енергію взаємодії з рецептором. Відповідно до моделювання QSAR, усі досліджувані сполуки (3-гідроксопропоксазепам, діазепам, оксазепам, пропоксазепам) мають низькі значення pIC50, що може вказувати на відносно низьку ефективність або спорідненість з TRPV1. Але пропоксазепам має найвищий прогнозований pIC50, це означає, що модель передбачає, що він є найпотужнішим серед сполук.uk
dc.identifier.citationMolecular insights into propoxazepam interaction with TRPV1 receptors: a docking analysis / V. B. Larionov, M. Ya. Golovenko, A. S. Akisheva, I. P. Valivodz, I. Yu. Borysiuk, Yu. O. Molodan, O. A. Makarenko // Вісник Одеського національного університету. Біологія. – 2023. – Т. 28, вип. 2(53). – С. 99–112.en
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.18524/2077-1746.2023.2(53).293324
dc.identifier.e-issn2415-3125
dc.identifier.issn2077-1746
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-2678-4264
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-1485-128X
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0002-0897-1253
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0001-7465-7089
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-2824-9118
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0002-2594-8274
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0001-8029-4392
dc.identifier.urihttps://dspace.onu.edu.ua/handle/123456789/37711
dc.language.isoen
dc.publisherОдеський національний університет імені І. І. Мечниковаuk
dc.subjectdockingen
dc.subjectpropoxazepamen
dc.subjectTRPV1 receptoren
dc.subjectpainen
dc.subjectbindingen
dc.subject1,4-benzodiazepinesen
dc.subjectдокінгuk
dc.subjectпропоксазепамuk
dc.subjectрецептор TRPV1uk
dc.subjectбільuk
dc.subjectзв’язуванняuk
dc.subject1,4-бензодіазепіниuk
dc.subject.udc547.892/577.322.21;615(213/212.3)
dc.titleMolecular insights into propoxazepam interaction with TRPV1 receptors: a docking analysisen
dc.title.alternativeМолекулярне уявлення про взаємодію пропоксазепаму з рецепторами TRPV1: докінг-аналізuk
dc.typeArticleen
Файли
Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
99-112.pdf
Розмір:
985.85 KB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Опис:
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
1.71 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити
Зібрання
Вісник Одеського національного університету. Біологія