Ретроспективне математичне моделювання світового моніторингу динаміку ліній Betacoronavirus pandemicum як інструмент нагляду за новітніми медичними загрозами

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.authorОнищенко, К. С.uk
dc.contributor.authorЗінченко, Оксана Юріївнаuk
dc.contributor.authorЖуков, Б. С.uk
dc.contributor.authorOnyshchenko, K. S.en
dc.contributor.authorZinchenko, Oksana Yu.en
dc.contributor.authorZhukov, B. S.en
dc.date.accessioned2026-01-07T08:39:53Z
dc.date.available2026-01-07T08:39:53Z
dc.date.issued2025
dc.description.abstractМета. Оцінити параметри профілів ліній SARS-CoV-2 (Betacoronavirus pandemicum) та встановити залежності між обсягами секвенування, часовими характеристиками моніторингу та різноманіттям ліній. Методи. Проаналізовано дані 11,33 млн. сіквенсів та 2703 ліній B. pandemicum із 176 країн за номенклатурою Pango. Визначали індекси концентрованості (HHI), різноманіття (H, HMM), рівномірності (J), тривалість спостереження (D) та інтенсивність секвенування (I). Застосовані методи кореляційного і регресійного аналізу із використанням відповідних бібліотек python. Результати. Виявлено сильні зв’язки між тривалістю та інтенсивністю моніторингу й числом ідентифікованих ліній. Визначені порогові значення для досягнення охоплення 90%, 95% і 99% різноманіття становили відповідно ~239, 321 і 411 сіквенсів. Після ~400–500 сіквенсів спостерігалося зниження ефективності, що відображало мінімальний приріст нових ліній. Маржинальна віддача секвенування знижувалася до <1 нової лінії на 1000 додаткових сіквенсів. Висновки. Часові параметри та інтенсивність секвенування визначають ефективність генетичного нагляду, тоді як рівномірність профілю залежить переважно від дизайну відбору зразків. Запропонована модель дозволяє встановлювати пороги секвенування та оптимізувати моніторинг. uk
dc.description.abstractAim. To assess the parameters of SARS-CoV-2 (Betacoronavirus pandemicum) lineage profiles and to determine the relationships between sequencing depth, temporal monitoring characteristics, and lineage diversity. Methods. A dataset 11.33 million sequences and 2,703 B. pandemicum lineages from 176 countries were analyzed using the Pango nomenclature. Concentration (HHI), diversity (H, HMM), evenness (J), observation duration (D), and sequencing intensity (I) indices were calculated. Correlation and regression analyses were performed using appropriate Python libraries. Results. Strong associations were identified between monitoring duration, sequencing intensity, and the number of detected lineages. Threshold sequencing depths required to reach 90%, 95%, and 99% lineage diversity coverage were ~239, 321, and 411 sequences, respectively. After ~400–500 sequences, the efficiency of sequencing decreased, reflected by a minimal increase in newly detected lineages. The marginal yield fell below one new lineage per 1,000 additional sequences. Conclusions. Temporal parameters and sequencing intensity determine the effectiveness of genomic surveillance, whereas profile evenness depends mainly on sampling design. The proposed model enables determination of sequencing thresholds and optimization of monitoring strategies.en
dc.identifier.citationОнищенко К. С. Ретроспективне математичне моделювання світового моніторингу динаміку ліній Betacoronavirus pandemicum як інструмент нагляду за новітніми медичними загрозами / К. С. Онищенко, О. Ю. Зінченко, Б. С. Жуков // Мікробіологія і біотехнологія. – 2025. – № 3(65). – С. 6–20.uk
dc.identifier.doihttps://doi.org/10.18524/2307-4663.2025.3(65).345238
dc.identifier.e-issn2307-4663
dc.identifier.issn2076-0558
dc.identifier.orcidhttps://orcid.org/0000-0003-4338-3139
dc.identifier.urihttps://dspace.onu.edu.ua/handle/123456789/43377
dc.language.isouk
dc.publisherОдеський національний університет імені І. І. Мечниковаuk
dc.subjectCOVID-19en
dc.subjectBetacoronavirus pandemicumla
dc.subjectлініїuk
dc.subjectдизайн-модельuk
dc.subjectсеквенуванняuk
dc.subjectрізноманіттяuk
dc.subjectмоніторингuk
dc.subjectdesign-modelen
dc.subjectsequencingen
dc.subjectdiversityen
dc.subjectsurveillanceen
dc.subject.udc578.834
dc.titleРетроспективне математичне моделювання світового моніторингу динаміку ліній Betacoronavirus pandemicum як інструмент нагляду за новітніми медичними загрозамиuk
dc.title.alternativeRetrospective mathematical modeling of global Betacoronavirus pandemicum lineages dynamic monitoring as an instrument for the surveillance of emerging medical threatsen
dc.typeArticleen
Файли
Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
6-20.pdf
Розмір:
324.03 KB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
1.71 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити
Зібрання
Мікробіологія і біотехнологія