METAGENOME 16S RRNA GENE ANALYSIS OF THE BLACK SEA MICROBIAL DIVERSITY IN THE REGION OF THE ZMIINIY ISLAND

Скорочена інформація про документ
dc.contributor.authorBobrova, O. E.
dc.contributor.authorKristoffersen, J. B.
dc.contributor.authorIvanytsia, Volodymyr O.
dc.contributor.authorБоброва, О. Є.
dc.contributor.authorКрістофферсен, Й. Б.
dc.contributor.authorІваниця, Володимир Олексійович
dc.contributor.authorБоброва, А. Е.
dc.contributor.authorКристофферсен, Й. Б.
dc.contributor.authorИваница, Владимир Алексеевич
dc.date.accessioned2015-10-02T12:31:30Z
dc.date.available2015-10-02T12:31:30Z
dc.date.issued2015
dc.descriptionМікробіологія і біотехнологія = Mіcrobіology & Bіotechnology : науковий журнал / ОНУ ім. І.І. Мечникова . – Одеса.uk
dc.description.abstractThe aim of the study was to determine the marine microbial biodiversity of the Zmiiniy island coastal seawater with the help of metagenomic analysis. Methods. The dualindexing primers were used to amplify v4 region of the 16S rRNA gene. Sequencing was performed on Illumina MiSeq platform. Nucleotide sequences were analyzed by SILVAngs and QIIME pipelines. Results. As the result of metagenomics 16S rRNA gene analysis there were detected about 3200 Operational Taxonomic Units. The main revealed phyla among domain Bacteria were: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes and candidate divisions of uncultivated prokaryotic representatives: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11and TM6. As a result of taxonomy analysis lots of bacterial families and genera were identified. The most abundant genera among studied samples were: Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Conclusion. The metagenomic 16S rRNA gene analysis allowed evaluating of rich taxonomic prokaryotes diversity in the Zmiiniy island area of the Black Sea surface water. Lots of them were either poorly investigated or uncultivable.uk
dc.description.abstractМетою дослідження було визначення морського мікробної біорізноманітності прибережної морської води острова Зміїний за допомогою метагеномного аналізу. Методи. Для ампліфікації v4 області 16S рРНК гена використовували праймери з двома індексами. Секвенування здійснювали на платформі Illumina MiSeq. Нуклеотидні послідовності аналізували за допомогою програм SILVAngs та QIIME. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в приберених водах острова Зміїний виявлено близько 3200 ОТЕ. Виявлені основні відділи домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes і кандидатні відділи некультивованих представників прокаріот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 та TM6. В результаті таксономічного аналізу ідентифіковано багато бактеріальних родин і родів. Найбільш представленими родами серед досліджуваних зразків були Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Висновки. Метагеномний 16S рРНК аналіз дозволив оцінити величезну таксономічну різноманітність прокаріот поверхневих вод Чорного моря в районі острова Зміїний. Багато з них слабо вивчені і не піддаються культивуванню.uk
dc.description.abstractЦелью исследования было определение морского микробного биоразнообразия прибрежной морской воды острова Змеиный с помощью метагеномного анализа. Методы. Для амплификации v4 области 16S рРНК гена использовали праймеры с двумя индексами. Секвенирование производили на платформе Illumina MiSeq. Нуклеотидные последовательности анализировали при помощи программ SILVAngs і QIIME. Результаты. В результате метагеномного 16S рРНК анализа в прибрежных водах острова Змеиный обнаружено около 3200 ОТЕ. Выявлены основные отделы домена Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes и кандидатные отделы некультивируемых представителей прокариот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 и TM6. В результате таксономического анализа идентифицировано множество бактериальных семейств и родов. Наиболее представленными родами среди исследуемых образцов были Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Выводы. Метагеномный 16S рРНК анализ позволил оценить богатое таксономическое разнообразия прокариот поверхностных вод Черного моря в районе острова Змеиный. Многие из них слабо изучены и не поддаются культивированию.uk
dc.identifier.citationМікробіологія і Біотехнологія = Microbiology & Biotechnologyuk
dc.identifier.urihttps://dspace.onu.edu.ua/handle/123456789/7277
dc.language.isoenuk
dc.publisherОдеський національний університет імені І. І. Мечниковаuk
dc.relation.ispartofseries;№ 2(30), С. 6-19.
dc.subjectthe Black Seauk
dc.subjectthe Zmiiniy islanduk
dc.subjectseawateruk
dc.subjectthe 16S rRNA gene analysisuk
dc.subjecttaxonomic diversityuk
dc.subjectmetagenomicsuk
dc.subjectmarine microbial diversityuk
dc.subjectcandidate divisionsuk
dc.subjectnew generation sequencing technologiesuk
dc.subjectЧорне мореuk
dc.subjectострів Зміїнийuk
dc.subjectморська водаuk
dc.subject16S рРНК аналізuk
dc.subjectтаксономічна різноманітністьuk
dc.subjectбактеріїuk
dc.subjectЧерное мореuk
dc.subjectостров Змеиныйuk
dc.subjectморская водаuk
dc.subject16S рРНК анализuk
dc.subjectтаксономическое разнообразиеuk
dc.subjectбактерииuk
dc.titleMETAGENOME 16S RRNA GENE ANALYSIS OF THE BLACK SEA MICROBIAL DIVERSITY IN THE REGION OF THE ZMIINIY ISLANDuk
dc.title.alternativeМЕТАГЕНОМНИЙ 16S РРНК АНАЛІЗ МІКРОБНОГО РІЗНОМАНІТТЯ ЧОРНОГО МОРЯ В РАЙОНІ ОСТРОВА ЗМІЇНИЙuk
dc.title.alternativeМЕТАГЕНОМНИЙ 16S рРНК АНАЛИЗ МИКРОБНОГО РАЗНООБРАЗИЯ ЧОРНОГО МОРЯ В РАЙОНЕ ОСТРОВА ЗМЕИНЫЙuk
dc.typeArticleuk
Файли
Контейнер файлів
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз
Назва:
6-19.pdf
Розмір:
1.25 MB
Формат:
Adobe Portable Document Format
Завантажити
Ліцензійна угода
Зараз показуємо 1 - 1 з 1
Ескіз недоступний
Назва:
license.txt
Розмір:
1.71 KB
Формат:
Item-specific license agreed upon to submission
Опис:
Завантажити
Зібрання
Мікробіологія і біотехнологія