Please use this identifier to cite or link to this item: http://dspace.onu.edu.ua:8080/handle/123456789/7277
Title: METAGENOME 16S RRNA GENE ANALYSIS OF THE BLACK SEA MICROBIAL DIVERSITY IN THE REGION OF THE ZMIINIY ISLAND
Other Titles: МЕТАГЕНОМНИЙ 16S РРНК АНАЛІЗ МІКРОБНОГО РІЗНОМАНІТТЯ ЧОРНОГО МОРЯ В РАЙОНІ ОСТРОВА ЗМІЇНИЙ
МЕТАГЕНОМНИЙ 16S рРНК АНАЛИЗ МИКРОБНОГО РАЗНООБРАЗИЯ ЧОРНОГО МОРЯ В РАЙОНЕ ОСТРОВА ЗМЕИНЫЙ
Authors: Bobrova, O. E.
Kristoffersen, J. B.
Ivanytsia, Volodymyr O.
Боброва, О. Є.
Крістофферсен, Й. Б.
Іваниця, Володимир Олексійович
Боброва, А. Е.
Кристофферсен, Й. Б.
Иваница, Владимир Алексеевич
Citation: Мікробіологія і Біотехнологія = Microbiology & Biotechnology
Issue Date: 2015
Publisher: Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Keywords: the Black Sea
the Zmiiniy island
seawater
the 16S rRNA gene analysis
taxonomic diversity
metagenomics
marine microbial diversity
candidate divisions
new generation sequencing technologies
Чорне море
острів Зміїний
морська вода
16S рРНК аналіз
таксономічна різноманітність
бактерії
Черное море
остров Змеиный
морская вода
16S рРНК анализ
таксономическое разнообразие
бактерии
Series/Report no.: ;№ 2(30), С. 6-19.
Abstract: The aim of the study was to determine the marine microbial biodiversity of the Zmiiniy island coastal seawater with the help of metagenomic analysis. Methods. The dualindexing primers were used to amplify v4 region of the 16S rRNA gene. Sequencing was performed on Illumina MiSeq platform. Nucleotide sequences were analyzed by SILVAngs and QIIME pipelines. Results. As the result of metagenomics 16S rRNA gene analysis there were detected about 3200 Operational Taxonomic Units. The main revealed phyla among domain Bacteria were: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes and candidate divisions of uncultivated prokaryotic representatives: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11and TM6. As a result of taxonomy analysis lots of bacterial families and genera were identified. The most abundant genera among studied samples were: Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Conclusion. The metagenomic 16S rRNA gene analysis allowed evaluating of rich taxonomic prokaryotes diversity in the Zmiiniy island area of the Black Sea surface water. Lots of them were either poorly investigated or uncultivable.
Метою дослідження було визначення морського мікробної біорізноманітності прибережної морської води острова Зміїний за допомогою метагеномного аналізу. Методи. Для ампліфікації v4 області 16S рРНК гена використовували праймери з двома індексами. Секвенування здійснювали на платформі Illumina MiSeq. Нуклеотидні послідовності аналізували за допомогою програм SILVAngs та QIIME. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в приберених водах острова Зміїний виявлено близько 3200 ОТЕ. Виявлені основні відділи домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes і кандидатні відділи некультивованих представників прокаріот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 та TM6. В результаті таксономічного аналізу ідентифіковано багато бактеріальних родин і родів. Найбільш представленими родами серед досліджуваних зразків були Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Висновки. Метагеномний 16S рРНК аналіз дозволив оцінити величезну таксономічну різноманітність прокаріот поверхневих вод Чорного моря в районі острова Зміїний. Багато з них слабо вивчені і не піддаються культивуванню.
Целью исследования было определение морского микробного биоразнообразия прибрежной морской воды острова Змеиный с помощью метагеномного анализа. Методы. Для амплификации v4 области 16S рРНК гена использовали праймеры с двумя индексами. Секвенирование производили на платформе Illumina MiSeq. Нуклеотидные последовательности анализировали при помощи программ SILVAngs і QIIME. Результаты. В результате метагеномного 16S рРНК анализа в прибрежных водах острова Змеиный обнаружено около 3200 ОТЕ. Выявлены основные отделы домена Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes и кандидатные отделы некультивируемых представителей прокариот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 и TM6. В результате таксономического анализа идентифицировано множество бактериальных семейств и родов. Наиболее представленными родами среди исследуемых образцов были Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Выводы. Метагеномный 16S рРНК анализ позволил оценить богатое таксономическое разнообразия прокариот поверхностных вод Черного моря в районе острова Змеиный. Многие из них слабо изучены и не поддаются культивированию.
Description: Мікробіологія і біотехнологія = Mіcrobіology & Bіotechnology : науковий журнал / ОНУ ім. І.І. Мечникова . – Одеса.
URI: http://dspace.onu.edu.ua:8080/handle/123456789/7277
Appears in Collections:Мікробіологія і біотехнологія

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
6-19.pdf1.28 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.