METAGENOME 16S RRNA GENE ANALYSIS OF THE BLACK SEA MICROBIAL DIVERSITY IN THE REGION OF THE ZMIINIY ISLAND
Вантажиться...
Файли
Дата
2015
Науковий керівник
Укладач
Редактор
Назва журналу
Номер ISSN
Номер E-ISSN
Назва тому
Видавець
Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Анотація
The aim of the study was to determine the marine microbial biodiversity of the Zmiiniy island coastal seawater with the help of metagenomic analysis. Methods. The dualindexing primers were used to amplify v4 region of the 16S rRNA gene. Sequencing
was performed on Illumina MiSeq platform. Nucleotide sequences were analyzed by
SILVAngs and QIIME pipelines. Results. As the result of metagenomics 16S rRNA gene
analysis there were detected about 3200 Operational Taxonomic Units. The main revealed phyla among domain Bacteria were: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes and candidate divisions of uncultivated prokaryotic representatives: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11and TM6. As a result of taxonomy analysis lots of bacterial families and genera were identified. The
most abundant genera among studied samples were: Marivita, Loktanella, Paracoccus,
Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter,
Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Conclusion. The metagenomic 16S rRNA gene analysis allowed evaluating of rich taxonomic prokaryotes diversity in the Zmiiniy island area of the Black Sea surface water. Lots of them were either poorly investigated or uncultivable.
Метою дослідження було визначення морського мікробної біорізноманітності прибережної морської води острова Зміїний за допомогою метагеномного аналізу. Методи. Для ампліфікації v4 області 16S рРНК гена використовували праймери з двома індексами. Секвенування здійснювали на платформі Illumina MiSeq. Нуклеотидні послідовності аналізували за допомогою програм SILVAngs та QIIME. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в приберених водах острова Зміїний виявлено близько 3200 ОТЕ. Виявлені основні відділи домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes і кандидатні відділи некультивованих представників прокаріот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 та TM6. В результаті таксономічного аналізу ідентифіковано багато бактеріальних родин і родів. Найбільш представленими родами серед досліджуваних зразків були Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Висновки. Метагеномний 16S рРНК аналіз дозволив оцінити величезну таксономічну різноманітність прокаріот поверхневих вод Чорного моря в районі острова Зміїний. Багато з них слабо вивчені і не піддаються культивуванню.
Целью исследования было определение морского микробного биоразнообразия прибрежной морской воды острова Змеиный с помощью метагеномного анализа. Методы. Для амплификации v4 области 16S рРНК гена использовали праймеры с двумя индексами. Секвенирование производили на платформе Illumina MiSeq. Нуклеотидные последовательности анализировали при помощи программ SILVAngs і QIIME. Результаты. В результате метагеномного 16S рРНК анализа в прибрежных водах острова Змеиный обнаружено около 3200 ОТЕ. Выявлены основные отделы домена Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes и кандидатные отделы некультивируемых представителей прокариот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 и TM6. В результате таксономического анализа идентифицировано множество бактериальных семейств и родов. Наиболее представленными родами среди исследуемых образцов были Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Выводы. Метагеномный 16S рРНК анализ позволил оценить богатое таксономическое разнообразия прокариот поверхностных вод Черного моря в районе острова Змеиный. Многие из них слабо изучены и не поддаются культивированию.
Метою дослідження було визначення морського мікробної біорізноманітності прибережної морської води острова Зміїний за допомогою метагеномного аналізу. Методи. Для ампліфікації v4 області 16S рРНК гена використовували праймери з двома індексами. Секвенування здійснювали на платформі Illumina MiSeq. Нуклеотидні послідовності аналізували за допомогою програм SILVAngs та QIIME. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в приберених водах острова Зміїний виявлено близько 3200 ОТЕ. Виявлені основні відділи домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes і кандидатні відділи некультивованих представників прокаріот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 та TM6. В результаті таксономічного аналізу ідентифіковано багато бактеріальних родин і родів. Найбільш представленими родами серед досліджуваних зразків були Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Висновки. Метагеномний 16S рРНК аналіз дозволив оцінити величезну таксономічну різноманітність прокаріот поверхневих вод Чорного моря в районі острова Зміїний. Багато з них слабо вивчені і не піддаються культивуванню.
Целью исследования было определение морского микробного биоразнообразия прибрежной морской воды острова Змеиный с помощью метагеномного анализа. Методы. Для амплификации v4 области 16S рРНК гена использовали праймеры с двумя индексами. Секвенирование производили на платформе Illumina MiSeq. Нуклеотидные последовательности анализировали при помощи программ SILVAngs і QIIME. Результаты. В результате метагеномного 16S рРНК анализа в прибрежных водах острова Змеиный обнаружено около 3200 ОТЕ. Выявлены основные отделы домена Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, Fusobacteria, Firmicutes и кандидатные отделы некультивируемых представителей прокариот: SR1, BD1-5, BHI80-139, OP3, OD1, WS3, NPL-UPA2, SHA-109, SM2F11 и TM6. В результате таксономического анализа идентифицировано множество бактериальных семейств и родов. Наиболее представленными родами среди исследуемых образцов были Marivita, Loktanella, Paracoccus, Pseudoalteromonas, Vibrio, Coraliomargarita, Acholeplasma, Pseudomonas, Phaeobacter, Neptunomonas, Allivibrio, Oceaniserpentilla, Oceanospirillum, Robiginitalea, Acinetobacter, Haliea. Выводы. Метагеномный 16S рРНК анализ позволил оценить богатое таксономическое разнообразия прокариот поверхностных вод Черного моря в районе острова Змеиный. Многие из них слабо изучены и не поддаются культивированию.
Опис
Мікробіологія і біотехнологія = Mіcrobіology & Bіotechnology : науковий журнал / ОНУ ім. І.І. Мечникова . – Одеса.
Ключові слова
the Black Sea, the Zmiiniy island, seawater, the 16S rRNA gene analysis, taxonomic diversity, metagenomics, marine microbial diversity, candidate divisions, new generation sequencing technologies, Чорне море, острів Зміїний, морська вода, 16S рРНК аналіз, таксономічна різноманітність, бактерії, Черное море, остров Змеиный, морская вода, 16S рРНК анализ, таксономическое разнообразие, бактерии
Бібліографічний опис
Мікробіологія і Біотехнологія = Microbiology & Biotechnology