МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА, ЦИРКУЛИРУЮЩЕГО В СЕВЕРО-ЗАПАДНОМ ПРИЧЕРНОМОРЬЕ
Вантажиться...
Дата
2013
Науковий керівник
Укладач
Редактор
Назва журналу
ISSN
E-ISSN
Назва тому
Видавець
Одеський національний університет імені І.І. Мечникова
Анотація
Проведено секвенирование нуклеотидных последовательностей гена белка оболочки Е штаммов вируса клещевого энцефалита 150, 70, 120 и Саврань 160, изолированных в Северо-Западном Причерноморье в 1988—1990 гг. На основе филогенетического анализа расшифрованных последовательностей подтверждена циркуляция в Северо-Западном Причерноморье европейского (западного) генотипа вируса. Проведенный анализ аминокислотных последовательностей выявил у штаммов вируса клещевого энцефалита 150, 70, 120 и Саврань 160 наличие четырех маркерных аминокислотных замещений — 67(N), 266(R), 306(V) и 407(R), в доменах II и III эктодомена и трансмембранном сегменте.
Вивчення молекулярної структури гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту, ізольованих в Північно-Західному Причорномор’ї — мета дослідження. Секвенування нуклеотидних послідовностей гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160, ізольованих із іксодових кліщів в Одеській і Херсонській областях в 1988-1990 роках, проводили методом «термінаторів» (за Сенгєром). Філогенетичний аналіз отриманих послідовностей здійснювали методом приєднання сусідів. Генотип штамів визначали на основі даних філогенетичного аналізу і за наявністю сигнатурних амінокислот.Секвеновано нуклеотидні послідовності гену білка оболонки Е шта¬мів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160. На основі філогенетичного аналізу підтверджено циркуляцію в Північно-Західному Причорномор’ї європейського (західного) генотипу вірусу. Показана ідентичність гену білка оболонки Е у ізольованих в регіоні штамів євро-пейського генотипу вірусу кліщового енцефаліту. Встановлена найбільша спорідненість штамів, що вивчали, зі штамом Pan, з яким вони складають окрему від решти штамів європейського генотипу вірусу філогенетичну групу. Проведений аналіз амінокислотних послідовностей виявив у штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160 наявність чотирьох маркерних амінокислотних заміщень — 67(N), 266(R), 306(V) і 407(R), в доменах II і III ектодомену і трансмембранному сегменті. Визначена молекулярна структура гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліта, ізольованих в Північно-Західному Причорномор’ї. Поряд з далекосхідним, встановлена циркуляція в регіоні європейського (західного) генотипу вірусу кліщового енцефаліту.
Aim. To study the molecular structure of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains isolated in the Northwest Black Sea Coast. Materials and methods. Nucleotide sequencing of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains 150, 70, 120 and 160 Savran, isolated from ticks in Odessa and Kherson regions in 1988-1990, was carried out by chain-termination method (by F. Sanger). Phylogenetic analysis of these sequences was performed by neighbor-joining method. Strains genotype was determined on the basis of phylogenetic analysis and presence of the signature amino acids. Results. Nucleotide sequencing of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains 150, 70, 120 and 160 Savran was carried out. Based on phylogenetic analysis the circulation of the European (Western) genotype of tick-borne encephalitis virus in the Northwest Black Sea Coast was confirmed. The identity of the envelope (E) protein gene in the tick-borne encephalitis virus strains of the European genotype isolated in the region was shown. The tick-borne encephalitis virus strains studied were the most related to Pan strain and formed with it the phylogenetic group separated from the other tick-borne encephalitis virus strains of the European genotype. The analysis of amino acid sequences of the tick-borne encephalitis virus strains 150, 70, 120 and Savran 160 revealed presence of four marker amino acid replacements — 67 (N), 266 (R), 306 (V) and 407 (R), in domains II and III of the ectodomain and in the transmembrane segment. Conclusions. The molecular structure of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains isolated in the Northwest Black Sea Coast was determined. Along with the Far Eastern, the circulation of the European (Western) genotype of tick-borne encephalitis virus in the region was revealed.
Вивчення молекулярної структури гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту, ізольованих в Північно-Західному Причорномор’ї — мета дослідження. Секвенування нуклеотидних послідовностей гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160, ізольованих із іксодових кліщів в Одеській і Херсонській областях в 1988-1990 роках, проводили методом «термінаторів» (за Сенгєром). Філогенетичний аналіз отриманих послідовностей здійснювали методом приєднання сусідів. Генотип штамів визначали на основі даних філогенетичного аналізу і за наявністю сигнатурних амінокислот.Секвеновано нуклеотидні послідовності гену білка оболонки Е шта¬мів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160. На основі філогенетичного аналізу підтверджено циркуляцію в Північно-Західному Причорномор’ї європейського (західного) генотипу вірусу. Показана ідентичність гену білка оболонки Е у ізольованих в регіоні штамів євро-пейського генотипу вірусу кліщового енцефаліту. Встановлена найбільша спорідненість штамів, що вивчали, зі штамом Pan, з яким вони складають окрему від решти штамів європейського генотипу вірусу філогенетичну групу. Проведений аналіз амінокислотних послідовностей виявив у штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160 наявність чотирьох маркерних амінокислотних заміщень — 67(N), 266(R), 306(V) і 407(R), в доменах II і III ектодомену і трансмембранному сегменті. Визначена молекулярна структура гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліта, ізольованих в Північно-Західному Причорномор’ї. Поряд з далекосхідним, встановлена циркуляція в регіоні європейського (західного) генотипу вірусу кліщового енцефаліту.
Aim. To study the molecular structure of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains isolated in the Northwest Black Sea Coast. Materials and methods. Nucleotide sequencing of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains 150, 70, 120 and 160 Savran, isolated from ticks in Odessa and Kherson regions in 1988-1990, was carried out by chain-termination method (by F. Sanger). Phylogenetic analysis of these sequences was performed by neighbor-joining method. Strains genotype was determined on the basis of phylogenetic analysis and presence of the signature amino acids. Results. Nucleotide sequencing of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains 150, 70, 120 and 160 Savran was carried out. Based on phylogenetic analysis the circulation of the European (Western) genotype of tick-borne encephalitis virus in the Northwest Black Sea Coast was confirmed. The identity of the envelope (E) protein gene in the tick-borne encephalitis virus strains of the European genotype isolated in the region was shown. The tick-borne encephalitis virus strains studied were the most related to Pan strain and formed with it the phylogenetic group separated from the other tick-borne encephalitis virus strains of the European genotype. The analysis of amino acid sequences of the tick-borne encephalitis virus strains 150, 70, 120 and Savran 160 revealed presence of four marker amino acid replacements — 67 (N), 266 (R), 306 (V) and 407 (R), in domains II and III of the ectodomain and in the transmembrane segment. Conclusions. The molecular structure of the envelope (E) protein gene of the tick-borne encephalitis virus strains isolated in the Northwest Black Sea Coast was determined. Along with the Far Eastern, the circulation of the European (Western) genotype of tick-borne encephalitis virus in the region was revealed.
Опис
Мікробіологія і біотехнологія = Microbiology & Biotechnology/ ОНУ імені І. І. Мечникова.
Ключові слова
вирус клещевого энцефалита, ген белка оболочки Е, секвенирование, вірус кліщового енцефаліту, ген білка оболонки Е, секвенування, tick-borne encephalitis virus, envelope (E) protein gene, sequencing
Бібліографічний опис
Мікробіологія і Біотехнологія = Microbiology & Biotechnology