Будь ласка, використовуйте цей ідентифікатор, щоб цитувати або посилатися на цей матеріал: http://dspace.onu.edu.ua:8080/handle/123456789/20834
Назва: Мікробна різноманітність прибережних вод Одеської затоки Чорного моря
Інші назви: Microbial diversity of coastal waters of Odesa Bay of the Black Sea
Автори: Васильєва, Наталія Юріївна
Крилова, Катерина Дмитрівна
Крістофферсен, Й. Б.
Дубровіна, Олена Андріївна
Іваниця, Володимир Олексійович
Vasylieva, Nataliia Yu.
Krylova, Kateryna D.
Kristoffersen, J. B.
Dubrovina, Olena A.
Ivanytsia, Volodymyr O.
Иваница, Владимир Алексеевич
Бібліографічний опис: Мікробіологія і біотехнологія
Дата публікації: 2018
Видавництво: Одеський національний університет імені І. І. Мечникова
Ключові слова: Одеська затока
Чорне море
морська вода
метагеномний 16S рРНК аналіз
мікробна біорізноманітність
Bay
the Black Sea
seawater
16S rRNA gene-based metagenomic analysis
microbial biodiversity
Серія/номер: ;№ 4(44).
Короткий огляд (реферат): Метою дослідження було визначення біорізноманітності прокаріотної мікробіоти прибережної води Одеської затоки Чорного моря шляхом метагеномного аналізу. Методи. Проби морської води відбирали в районі гідробіологічної станції ОНУ імені І. І. Мечникова (46°26'28.2''N 30°46'20.0''E) з горизонту 100 см, фільтрували через 0,22 μm мембранні фільтри (Sartorius). Сумарну ДНК виділяли з зібраних мікроорганізмів за допомогою PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50-NF) згідно з інструкцією виробника (MO BioLaboratories). Для визначення мікробної різноманітності методами метагеномного аналізу використовували таргетне секвенування ділянки v4 гена 16S рРНК на платформі Illumina MiSeq. Отримані послідовності у форматі fastq аналізували в оболонці miniconda3 з послідовним використанням програм Fastqcv.0.11.2., Trimmomatic, Cutadapter, SPAdes, Centrifuge і Krona. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в прибережних водах Одеської затоки було отримано 261197 анотованих послідовностей. Виявлено представників основних відділів домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Deferribacteres, Planctomycetes, Tenericutes, Aquificae, Deinococci, Thermotogae, Ignavibacteriales, Fibrobacteri. Найбільш поширеними відділами домену Bacteria є Proteobacteria (68,0%) і Bacteroidetes (19,0%). Серед відділу Proteobacteria переважають класи Gammaрroteobacteria (63,0%) і Alphaproteobacteria (31,0%). Показано присутність незначної кількості представників домену Archaea (менше 0,5%) класів Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota. Висновки. Порівняльний аналіз результатів, наведених і отриманих у попередніх дослідженнях біологічної різноманітності морської мікробіоти води Причорноморських лиманів і прибережних вод острова Зміїний дозволили визначити основні відмінності у їх складі. Показано, що здебільшого мікробіота морської води Одеської затоки як і Хаджибейського лиману та прибережної води острова Зміїний різноманітна і представлена в основному членами відділів Proteobacteria і Bacteroidetes, в той час як у Сухому і Дністровському лиманах переважають представники відділу Cyanobacteria.
The aim of the study was to determine the biodiversity of the prokaryotic microbiota of the coastal water of Odesa Bay of the Black Sea with the help of metagenomics analysis. Methods. Sample of sea water was taken in the area of Нydrobiological station of Odesa I. I. Mechnikov National University (46°26'28.2"N 30°46'20.0" E). Sample of sea water was taken from the horizon of 100 cm and filtered through 0.22 μm membrane filters (Sartorius). Total DNA was isolated from the collected microorganisms using the PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50- NF) according to the manufacturer's instructions (MO BioLaboratories). Total DNA extraction has been performed according to the manufacturer's instructions (MO BioLaboratories) from collected microorganisms using the PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50-NF). To determine the microbial diversity with the help of metagenomic analysis, there were carried out targeted sequencing performed on the Illumina MiSeq platform after amplify v4 region of the 16S rRNA gene. The obtained sequences in the fastq format were analyzed in the miniconda3 shell with used next programs: Fastqcv.0.11.2., Trimmomatic, Cutadapter, SPAdes, Centrifuge and Krona. Results. As a result of the metagenomics 16S rRNA gene analysis of the coastal waters of Odesa Bay about 261 197 annotated sequences were defined. The representatives of main departments of the domain Bacteria were identified: Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Cyanobacteria, Tenericutes, Spirochaetia, Fusobacteria, Thermotogae, Deinococci, Aquificae , Chlorobia, Chloroflexi ,Verrucomicrobia, Deferribacteres, Planctomycetes, Chlamydiia, Acidobacteria, Nitrospirae, Ignavibacteriae, Thermodesulfobacteria, Dictyoglomia, Elusimicrobia, Synergistia, Fibrobacteria, Gemmatimonadetes. The most common departments of Bacteria domain were Proteobacteria (68.0%) and Bacteroidetes (19.0%). The representatives of Gammaproteobacteria (63.0%) and Alphaproteobacteria (31.0%) were dominated among the Proteobacteria. The presence of small amount of representatives of the Archaea domain (less than 0.5%) as the classes Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota was shown. Conclusion. A comparative analysis of the presented results and those that were obtained during previous studies of the biological diversity of microbial communities in the Black Sea estuaries and in the region of the Zmiiniy Island made it possible to determine the main differences in their composition. As it was shown, microbial communities of the coastal water of Odesa Bay, water of the Khadzhybei estuary and in the region of the Zmiiniy Island is manifold and is represented mainly by the members of Proteobacteria and Bacteroidetes while representatives from Cyanobacteria phylum is dominate in the Dry and Dniester estuaries.
URI (Уніфікований ідентифікатор ресурсу): http://dspace.onu.edu.ua:8080/handle/123456789/20834
Інші ідентифікатори: УДК 579.6+ 578
DOI: http://dx.doi.org/10.18524/2307-4663.2018.4(44).149575
Розташовується у зібраннях:Мікробіологія і біотехнологія

Файли цього матеріалу:
Файл Опис РозмірФормат 
63-75.pdf686.79 kBAdobe PDFЕскіз
Переглянути/Відкрити


Усі матеріали в архіві електронних ресурсів захищені авторським правом, всі права збережені.