Перегляд за Автор "Shtenikov, Mykola D."
Зараз показуємо 1 - 14 з 14
Результатів на сторінці
Налаштування сортування
Документ Antagonistic activity of endosporeforming bacteria of deep water the Black Sea sediments(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.; Штеников, Николай Дмитриевич; Остапчук, Андрей Николаевич; Иваница, Владимир Алексеевич; Іваниця, Володимир ОлексійовичAim. The purpose of the work was to study the antagonistic activity of strains of the facultatively anaerobic endosporeforming bacteria, isolated from deep-sea sediments of the Black Sea. Materials and methods. In this work, 250 strains of facultative anaerobic endosporeforming bacteria, isolated from the samples of deep-sea sediments of the Black Sea, were used. Antagonistic activity was determined by the method of radial streaks. As indicators for screening there were used next strains of opportunistic human pathogens – Proteus vulgaris ATCC 6896, Pseudomonas aeruginosa B-329, Staphylococcus aureus ATCC 6538P, Bacillus cereus ATCC 14579, Candida albicans ATCC 10231, Escherichia coli ATCC 25922, Salmonella enterica NCTC 6017, Klebsiella pneumoniae ATCC 10031, Bacillus subtilis ATCC 10774. Results. It is revealed that 32% of all isolated Black Sea strains of facultative anaerobic spore-forming bacteria have been shown to exhibit antagonistic activity of varying degrees of severity in relation to opportunistic microorganisms. There is a certain relationship between species strain, horizon of its origin and its antagonistic activity. Conclusions. The obtained results testify to the promising nature of the strains of endosporeforming bacteria in the Black Sea sediments for the screening of the producers of antimicrobial compounds with activity directed against opportunistic human pathogens.Документ Bio markers for species -specific detection of a soil strain of Bacillus megaterium 22-destructor of organic compounds(2017) Horshkova, Olena H.; Shtenikov, Mykola D.; Горшкова, Елена Георгиевна; Горшкова, Олена ГеоргіївнаThe progress of environmental biotechnology depends critically on the formation and constant replenishment of the stock of cultures of microorganisms possessingДокумент Deepened genomics-metabolomics characteristics of the bacteria of the Bacillus genus isolated from deep-sea(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2023) Subota, V. V.; Ostapchuk, Andriy M.; Shtenikov, Mykola D.; Субота, В. В.; Остапчук, Андрій Миколайович; Штеніков, Микола ДмитровичMarine bacteria from the genus Bacillus are attracting increasing attention as a source of large amounts of bioactive metabolites. The biosynthetic potential of marine bacteria from the genus Bacillus is not sufficiently studied. The previous study of authors could not give a complete result, so it was decided to reanalyze the metabolites not identified at that time, taking into account the development of existing databases. Therefore, the work aimed to reanalyze the metabolome already performed on Bacillus velezensis ONU 553, Bacillus pumilus ONU 554, and Bacillus subtilis ONU 559 strains isolated from the Black Sea sediments. Methods. The general genome identification was performed using the online version of the Dictionary of Natural Products database, and search for biosynthetic clusters in genome of Bacillus velezensis ONU 553 - with antiSMASH 7.0. Results and Conclusion. Genomic-metabolic profiling of strains led to the identification of several new biological compounds – 7 and 1 metabolites in Bacillus velezensis ONU 553 and Bacillus pumilus ONU 554 strains, respectively, and to identify biosynthetic clusters of iturin- and helipeptin-like peptides in Bacillus velezensis ONU 553 strain for the first time. A new biosynthetic cluster was found in the Bacillus velezensis ONU 553 strain.Документ Features of fatty strength profile of strain Brevibacillus centrosporus F14 – destructor of phenolic compounds(НАН України. Ін-т біохімії ім. О.В. Палладіна, 2018) Horshkova, Olena H.; Shtenikov, Mykola D.; Korotaeva, Nadiya V.; Voliuvach, Olha V.; Волювач, Ольга Вячеславовна; Волювач, Ольга В'ячеславівна; Горшкова, Елена Георгиевна; Горшкова, Олена ГеоргіївнаClose-bodied microorganisms are clearly delineated by the presence and percentage content of their cellular lipids of fatty acids. Particular attention is paid to the search for new and identification of non-pathogenic microorganisms intended for the purification of effluents from the production of pharmaceuticals, medical institutions with the predominant content of highly toxic phenolic compounds in them. The aim of the work is to establish the characteristics of the fatty acid profile of the nonpathogenic strain Brevibacillus centrosporus F14, a destructor of phenolic compounds isolated from sewage from Ukrainian pharmaceutical products.Документ Morphological characteristics and cytotoxic activity of the Black Sea strain Streptomyces sp. Lim 10(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2023) Gudzenko, Tetiana V.; Strashnova, Iryna V.; Horshkova, Olena H.; Lisiutin, G. V.; Shtenikov, Mykola D.; Sachkovska, V. I.; Гудзенко, Тетяна Василівна; Страшнова, Ірина Валентинівна; Горшкова, Олена Георгіївна; Лісютін, Г. В.; Штеніков, Микола Дмитрович; Сачковська, В. І.Aim. The aim of the work was to study the morphological characteristics and cytotoxic activity of the strain of actinobacteria Streptomyces sp. Lim 10 isolated from natural fouling of shell rock in the Odesa Bay of the Black Sea. Materials and methods. The object of the study was a strain of marine actinobacteria Streptomyces sp. Lim 10. The morphology and growth patterns were studied on the media of Gauze 2, Czapek, Eshbi, TSB and on the media of ISP (ISP-1–ISP- 7). SG medium was used to accumulate secondary metabolites of actinobacteria. Extraction of exometabolites from the culture liquid was carried out with ethyl acetate followed by dissolution in dimethyl sulfoxide (DMSO). The cytotoxic activity of exometabolites of actinobacteria strain Streptomyces sp. Lim 10 was studied on the model of cultures cells human - rhabdomyosarcoma (RD,) and of the laryngeal adenocarcinoma (Hep-2). The cytotoxic effect of exometabolites of the actinobacteria strain Streptomyces sp. Lim 10 was determined after 24 hours of incubation by microscopy. The degree of destruction of the monolayer was assessed by the number of viable cells in terms of optical density, which was measured using a spectrophotometer at a wavelength of 630 nm. The exometabolites of actinobacteria strain Streptomyces sp. Lim 10 were identified using LC-ESIMS. Results. Study of the morphological properties of the Black Sea strain of actinobacteria Lim 10 showed that it is characterized by pleomorphism. А high cytotoxic activity of exometabolites of the marine strain of actinobacteria Streptomyces sp. Lim 10 was established. The level of cytotoxic effect of metabolites of the strain of actinobacteria Streptomyces sp. Lim 10 on Hep-2 cell culture depended on their concentration. RD cell culture was more sensitive to the cytotoxic effect of exometabolites of Streptomyces sp. Lim 10 – at all tested concentrations of exometabolites (from 2.5 to 500.0 μg/ml), the number of viable cells in the RD monolayer decreased to 51.3 ± 3.0 – 63.7 ± 5.4%, compared to the control. This can be at least partially explained by action of apoptosis-inducing agent staurosporine, which is produced by strain Streptomyces sp. Lim 10 along with itsstructural homologs. Conclusion. Strain Streptomyces sp. Lim 10 is a promising producer of antitumor compounds and can be recommended for further more in-depth studies.Документ Strains Pseudomonas fluorescens ONU 541, Bacillus megaterium ONU 542 are promising producers of surface-active met abolites and destructors of petroleum products(2017) Horshkova, Olena H.; Voliuvach, Olha V.; Shtenikov, Mykola D.; Gudzenko, Tetiana V.; Волювач, Ольга Вячеславовна; Волювач, Ольга В'ячеславівна; Горшкова, Елена Георгиевна; Горшкова, Олена ГеоргіївнаMethods for eliminating oil pollution, based on their decomposition by non-pathogenic microorganisms, are recognized as effective and ecologically safeДокумент Stratification of Endosporeforming Bacteria in bottom sediments of Black Sea(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2018) Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.Aerobic Endospore-forming Bacteria (AEB) represent an interesting group of mesophilic bacteria for geological and environmental studies. The optimal temperature for their growth are in the range of 25-30 ° C. The main places of their habitation are soil, active sludge and bottom sediments of fresh water basins. In the marine environment they come from land with annual and rainy runoff and through the air.Документ Антагоністична активність морських бактерій родів Bacillus, Priestia і Paenibacillus різних термотипів(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2022) Штеніков, Микола Дмитрович; Shtenikov, Mykola D.; Зінченко, Оксана Юріївна; Zinchenko, Oksana Yu.; Болдирєва, Валерія Володимирівна; Boldyreva, V. V.Мета. Дослідити антагоністичну активність бактерій родів Bacillus, Priestia і Paenibacillus за різних умов культивування. Методи. В роботі досліджували 25 штамів антагоністично активних споротвірних бактерій, ізольованих з глибоководних донних відкладень Чорного моря. Визначення термотипів проводилося за результатами аналізу параметрів жирнокислотного профілю. Антагоністична активність по відношенню до тестштамів умовно-патогенних бактерій виявлялася за методом агарових блоків на середовищах Гаузе № 1 та МПА за різних температур культивування. Результати. Аеробні бактерії родів Bacillus, Priestia та Paenibacillus всіх трьох термотипів – термотолерантні, мезофільні та психротрофні, в цілому демонструють нижчу антагоністичну активність за культивування при 37 °С, ніж за культивування при 30 °С на обох середовищах, за винятком помітної більш високої активності психротрофів при 37 °С на середовищі Гаузе № 1. Висновки. Встановлено, що приналежність до певного термотипу впливає на характер антагоністичної активності споротвірних бактерій. Антагоністична активність мезофільних та термотолерантних бактерій за більш високої температури культивування нижча, а у психротрофних бактерій за умов культивування при більш високій температурі на середовищі Гаузе № 1 вища.Документ Бактеріоцини факультативно-анаеробних спороутворювальних бактерій(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Штеніков, Микола Дмитрович; Іваниця, Володимир Олексійович; Штеников, Николай Дмитриевич; Иваница, Владимир Алексеевич; Shtenikov, Mykola D.; Ivanytsia, Volodymyr O.В огляді наведена інформація щодо бактеріоцинів – низькомолекулярних білків факультативно-анаеробних спороутворювальних бактерій (ФАСБ), що володіють антимікробною активністю, їх класифікації, структури та властивостей. Серед бактеріоцинів ФАСБ виділяють такі, що при синтезі зазнають вторинної модифікації, та такі, що їй не піддаються. Перші в свою чергу поділяються на лантибіотики, циклічні пептиди, сактібіотики, глікоцини, лінійні азолвмісні бактеріоцини та лассо-пептиди, які виявлені в ФАСБ поки лише методами біонформатики. Серед не модифікованих бак- теріоцинів ФАСБ виділяють педіоцин-подібні та некласифіковані. Окремо стоїть група бактеріоцинів, які мають високу молекулярну масу та на даний час мало досліджені. Ступінь вивчення різних таксономічних груп ФАСБ на предмет бактеріоциногенності на даний момент є дуже нерівномірним. Основні продуценти належать до родів Bacillus та Paenibacillus, для деяких родин інформація в літературі відсутня. Вивчення бактеріоцинів ФАСБ – перспективний напрямок як фундаментальних, так і прикладних досліджень.Документ Розділ 2. Метагеномний аналіз мікробіоти прибережних вод Одеської затоки, острова Зміїний та причорноморських лиманів(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2021) Іваниця, Володимир Олексійович; Ivanytsia, Volodymyr O.; Васильєва, Наталія Юріївна; Vasylieva, Natalia Yu.; Штеніков, Микола Дмитрович; Shtenikov, Mykola D.; Лісютін, Г. В.; Боброва, Олександра Євгенівна; Bobrova, Oleksandra Ye.В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу визначено таксономічний склад мікробіомів прибережних вод Одеської затоки, акваторії острова Зміїний та причорноморських лиманів і охарактеризовано біологічну різноманітність прокаріот основних відділів доменів Bacteria та Archаea. У воді Одеської затоки виявлені прокаріоти домену Bacteria, які належать до відділів: Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Cyanobacteria, Tenericutes, Spirochaetia, Fusobacteria, Thermotogae, Deinococci, Aquifcae, Chlorobia, Chloroflexi, Verrucomicrobia, Deferribacteres, Planctomycetes, Chlamydiaе, Acidobacteria, Nitrospirae, Ignavibacteriae, Thermodesulfobacteria, Dictyoglomia, Elusimicrobia, Synergistia, Fibrobacteria, Gemmatimonadetes та відділів домену Archаea - Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota. У Хаджибейскому лимані, Одеській затоці та акваторії о. Зміїний переважали представники відділу Proteobacteria, а в Сухому і Дністровському лиманах - відділу Cyanobacteria. У результаті біоінформатичного функціонального аналізу в загальному прокаріотному метагеномі мікробіому води Одеської затоки визначено співідношення генів, що відповідають за протікання біологічних процесів, кодують інформацію про молекулярні функції молекулярні функції та несуть інформацію про синтез клітинних компонентів.Документ Розділ 4. Аеробні споротвірні бактерії глибоководних осадів Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2021) Штеніков, Микола Дмитрович; Shtenikov, Mykola D.; Васильєва, Наталія Юріївна; Vasylieva, Natalia Yu.; Іваниця, Володимир Олексійович; Ivanytsia, Volodymyr O.З глибоководних відкладень Чорного моря виділено ізоляти споротвірних бактерій, які методом аналізу профілів жирних кислот віднесено до 14 видів родів Bacillus, Paenibacillus та Brevibacillus. Виділені бактерії охарактеризовані за антагоністичною активністю по відношенню до опортуністичних патогенів людини. За результатами скринінгу було відібрано Bacillus velezensis ONU 553, B. pumilus ONU 554та B. subtilis ONU 559. Загальні характеристики геномів цих бактерій укладаються в діапазон значень, властивий відповідним видам. Методом рідинної хромато-масспектрометрії у бактерій штаму Bacillus velezensis ONU553 виявлено та ідентифіковано 90, B. pumilus ONU 554 – 33, B. subtilis ONU 559 - 43 екзометаболіти. Серед них виявлено антибіотики класів ліпопептидів та амікумацинів, а також пентапептид GPFPI. Виявлені сполуки, які ідентифіковані для бацил вперше, потребують подальшої верифікації. Для ряду сполук вперше ідентифіковано біосинтетичні генні кластери. Розраховані за профілями жирних кислот індекси термофільності та аналіз амінокислотних спектрів за методом Moura (в авторській модифікації) вказують на неаборигенність штамів B. velezensis ONU 553 та B. subtilis ONU 559 для донних відкладень. Виділені і вивчені штами морських бактерій поповнили Колекцію морських мікроорганізмів Одеського національного університету імені І.І. Мечникова, а отримані дані щодо геномів та екзометаболомів морських бактерій можуть слугувати науковою основою для розробки нових фармацевтичних препаратів.Документ Склад жирних кислот, амінокислот та моносахаридів бактерій роду Bacillus, виділених з донних відкладень Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2020) Штеніков, Микола Дмитрович; Остапчук, Андрій Миколайович; Іваниця, Володимир Олексійович; Штеников, Николай Дмитриевич; Остапчук, Андрей Николаевич; Иваница, Владимир Алексеевич; Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.; Ivanytsia, Volodymyr O.Метою роботи було визначити кількісний та якісний склад жирних кислот, амінокислот та моносахаридів антагоністично активних споротвірних бактерій роду Bacillus, ізольованих з глибоководних донних відкладень Чорного моря. Матеріали та методи. Об'єктом дослідження були антагоністично активні бактерії Bacillus velezensis ONU 553, Bacillus pumilus ONU 554, Bacillus subtilis ONU 559, Bacillus megaterium 11, Bacillus pumilus 95. Склад жирних кислот визначали на газовому хроматографі з полум’яно-йонізаційним детектором Agilent 7890 (Agilent Technologies, США), моноцукридів – методом газо-рідинної хромато-мас-спектрометрії на Agilent 6890N/5973 inert (Agilent Technologies, USA), амінокислот – на рідинному хроматографі Agilent 1200 (Agilent Technologies, USA). Результати. Виявлено характерні для досліджених штамів жирні кислоти: для штаму B. velezensis ONU 553 – 17:0, 14:0 anteiso, 11:0 2OH, для B. subtilis ONU 559 – 19:0 iso, 19:0 anteiso, для B. megaterium 11 – 15:0 2OH, B. pumilus 95 – 15:1 isow5c та 12:0. Амінокислотні патерни досліджених штамів не демонструють значущу кореляцію з патерном біоти океану, а штамів B. velezensis ONU 553, B. pumilus ONU 554 та B. pumilus 95 характерні для біоти пісчаних ґрунтів. Крім характерних для бактерій групи B. subtilis моносахаридів виявлена арабіноза, багатоамтоні спирти – L-ідітол та міоінозитол, функції яких у клітинах бацил не відомі. Висновки. Показники НАІ та а15/ і15 штамів B. velezensis ONU 553, B. pumilus ONU 554 та B. subtilis ONU 559 характерні для мезофільних бактерій, а B. megaterium 11 та B. pumilus 95 – для помірних термофілів. Результати досліджень підтримують гіпотезу про неавтохтонність досліджуваних бактерій для глибоководних донних відкладень Чорного моря.Документ Сіквенс геному Bacillus pumilus ONU 554, ізольованого з глибоководних донних відкладень Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2020) Іваниця, Володимир Олексійович; Иваница, Владимир Алексеевич; Ivanytsia, Volodymyr O.; Штеніков, Микола Дмитрович; Штеников, Николай Дмитриевич; Shtenikov, Mykola D.; Остапчук, Андрій Миколайович; Остапчук, Андрей Николаевич; Ostapchuk, Andriy M.; Васильєва, Наталія Юріївна; Васильева, Наталья Юрьевна; Vasylieva, Natalia Yu.; Калиновський, Й.; Калиновский, Й.; Kalinowski, J.Метою роботи було проаналізувати структуру генома бактерій штаму Bacillus sp. ONU 554, ізольованого з донних осадів Чорного моря, для його ідентифікації та виявлення генів, що відповідають за синтез біологічно активних сполук. Матеріали та методи. Об'єктом дослідження були структура та характеристика геному антагоністично активних бактерій штаму Bacillus pumilus ONU 554. Геномну ДНК було секвеновано з використанням секвенатора НiSeq 1500 (Illumina). Збирання геному виконано з використанням асемблеру Newbler версії 2.8, визначення видової приналежності штаму - за допомогою сервера TYGS, підрахунок ANI - з використанням Ezbiocloud. Анотування геному здійснили за допомогою серверів PATRIC та NCBI PGAP, пошук кластерів біосинтезу антибіотиків та бактеріоцинів - за допомогою antiSMASH та Bagel4, відповідно. Пошук детермінант патогенності виконувався за допомогою IslandViewer, резистентності до антибіотиків - ResFinder-3.2, пошук профагових елементів з використанням PHASTER. Результати. За даними повногеномного порівняння та 16S рРНК Bacillus sp. ONU 554 було ідентифіковано як Bacillus pumilus ONU 554. Його геном має розмір 3 642 544 п.о., який менший за геном типового штаму на 90 кб за рахунок ряду делецій. Виявлено плазміду, чотири профагових елементи, один з яких на плазміді та 14 біосинтетичних кластерів, з яких три належать бактеріоцинам. Висновки. Таким чином, можна стверджувати, що дані повногеновного секвенування є більш надійним інструментом видової ідентифікації ніж аналіз тотального жирно кислотного профілю, а штам, геном якого проаналізовано, може стати об’єктом для подальшої молекулярно-біотехнологічної роботи з вивчення та гетерологічної експресії виявлених кластерів.Документ Факультативно-анаеробні спороутворювальні бактерії глибоководних відкладень Чорного моря(Одеський національний університет імені І. І. Мечникова, 2017) Іваниця, Володимир Олексійович; Штеніков, Микола Дмитрович; Остапчук, Андрій Миколайович; Ivanytsia, Volodymyr O.; Shtenikov, Mykola D.; Ostapchuk, Andriy M.Мета. Виявити в глибоководних осадах сірководневої батіалі Чорного моря факультативно-анаеробні спороутворювальні бактерії (ФАСБ), здатні рости за аеробних умов, та визначити їх таксономічну різноманітність. Методи. Для роботи були використані проби донних відкладень з різних горизонтів (0–50 см) з глибини 888–2080 м Чорного моря, відібрані в ході експедиції М84/2 Бременського університету на судні Meteor. Ідентифікацію виділених штамів проводили шляхом визначення спектру жирних кислот на газовому хроматографі «BioRad» з використанням автоматичної системи ідентифікації мікроорганізмів MIDI Sherlock на базі газового хроматографа з полум’яно-іонізаційним детектором Agilent 7890 (Agilent Technologies, США). Результати. У ході досліджень у глибоководних осадах сірководневої батіалі Чорного моря на горизонтах до 50 см виявлено факультативно-анаеробні бактерії, здатні рости за аеробних умов. Було отримано 202 ізоляти грампозитивних бактерій, які утворюють ендоспори. За спектром жирних кислот з використанням автоматичної системи ідентифікації мікроорганізмів MIDISherlock встановлено, що отримані ізоляти належать до 18 видів 4-х родів ФАСБ: Bacillus, Paenibacillus, Lysinibacillus, Brevibacillus. Не ідентифіковані ізоляти (25) потребують додаткових досліджень і можуть відноситися до нових ще не відомих для науки таксонів бактерій. Висновки. Вперше в донних відкладеннях на горизонтах до 50 см анаеробної сірководневої та метанової батіалі Чорного моря на глибинах 888–2080 м виявлено факультативно-анаеробні спороутворювальні бактерії, визначено їх таксономічну різноманітність, та зроблено припущення про їх алохтонне походження.